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已经证明长链非编码RNAs(Long non-coding RNAs,lncRNAs)在不同细胞过程和生物功能中起着重要作用。探索与lncRNAs相关的功能可能帮助提供对它们潜在生物学机制的见解。
当前方法主要关注于研究个别lncRNAs的功能;然而,关键生物学功能可能被多个lncRNAs的组合效应影响。
LncRNAs2Pathways基于全局网络传播算法,鉴定被一套感兴趣lncRNAs组合影响的功能通路。使用通过网络传播得分加权的一个类Kolmogorov-Smirnov统计量(它考虑了lncRNAs和编码基因间的表达相关性)评估被感兴趣lncRNAs影响的生物通路。
通过分析与神经胶质瘤、前列腺癌和胰腺癌相关的3套lncRNAs展示了其有效性。
下载:https://cran.r-project.org/web/packages/LncPath/
语言:R
时间:20170421
参考:LncRNAs2Pathways:
Identifying the pathways influenced by a set of lncRNAs of interest
based on a global network propagation method
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