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专家:方舟子胡乱打假 NgAgo

已有 9640 次阅读 2016-8-6 16:48 |系统分类:科研笔记

有分子生物方面的专业人士想指出方舟子在韩氏 NgAgo 评论中的错误,但怕遭到方舟子打击报复,方舟子这样简直是白色恐怖嘛。

首先,我就方舟子对韩春雨论文中的几个电泳图提出的质疑说两句。方舟子认为这些电泳图是韩春雨造假的证据。据方舟子说,韩氏电泳图上条条在运动方向中间落后、两侧超出,不可能,肯定造假,而且是低级的PS。对此,有方舟子“超级粉丝” 非常诚恳地向他指出,在分子较小时这个现象经常发生,并不见得是造假。这条信息方舟子登在了新语丝网站上了,http://www.xys.org/xys/ebooks/others/science/dajia17/hanchunyu5.txt  应该算是承认了这个可能。网上搜索电泳图,类似的情况经常出现。大家可以去查查。

博主补充:我补充下面这个图




下面是专家就 JesseCai 的分析做出的评论。专家的评论我原文拷贝、用不同背景 颜色显示,我是外行,大家自己判断。科学辩论不是请客吃饭,对就是对,错就是错。

http://image.sciencenet.cn/home/201607/16/160051u2pvrb6rrpsz2zb2.jpg


 

注1:蔡说图4a中,G6和G13相距30nt,但条带没有差异。是为了说明图4b中的差异有问题。方舟子被误导,居然以为G6和G13应该有30nt的差异。

注2:凝胶电泳只是粗略地估计分子量大小,这种电泳条带的小幅位移,往往是由于样品成分如盐分,DNA纯度,蛋白质等造成的阻滞效应,根本不足以判断真正的分子量大小,只有通过测序才能确证。

注3:就算NaAgo切割产物比Cas9都变小了,那也很正常。因为NaAgo和Cas9都只是切割基因组DNA,去掉几个碱基是内源核酸酶干的活。因为二者切口不同,所以去掉的碱基数目也不同。这再正常不过了!

结论:

方舟子对分子生物实验一窍不通,根本没有资格打假,只依靠道听途说!


补充:蔡注解5最后一句说:“韩文有数据说NgAgo不能切割线性DNA”,据此推断“NgAgo不能切割基因组,因为基因组DNA就是线性的”,这是没看懂韩的论文,而且反映了[..]分子生物学基础很差。韩的论文中的原文是:”NgAgo did not cleave linearized plasmid or ssDNA (Supplementary Fig. 3). These data

suggest that NgAgo is not an exonuclease.“, 意思是NgAgo 不能单独切割线性质粒DNA和ssDNA,也就是说必须有ssDNA和质粒DNA同时存在时才能切割,这说明NgAgo是内切酶而不是外切酶。

 

专家回复:需要学习的是你自己,既然发过几篇论文,怎么连个电泳图也看不懂?在图4e中,虽然NgAgo和Cas9的guider序列相同,但他们是不同的内切酶,切割位点不同。Cas9的切割位点在距离PAM序列四个碱基的位置,而NgAgo的切割位点是靶点内的序列,并且会随机抹掉一段靶点内的序列。

切割之后,在细胞内由内源核酸酶去除几个碱基,内源连接酶修复DNA双链切口,并造成突变型。

检测时,PCR扩增目标序列,由于野生型和突变型之间,NgAgo和Cas9切割位点处的差异,T7消化在再次从NgAgo和Cas9切割位点处切断。NgAgo和Cas9切割位点不同,产物长度自然不同。

NgAgo会随机抹掉一段靶点内的序列,所以产物较小。

verstehen?


图4a中,不同的guider DNA虽然位置有所不同,但被NgAgo的切割,并且随机抹掉一段靶点内的序列后,两端的长度在不同gDNA之间就都差不多了。





http://blog.sciencenet.cn/blog-684007-994919.html

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