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有分子生物方面的专业人士想指出方舟子在韩氏 NgAgo 评论中的错误,但怕遭到方舟子打击报复,方舟子这样简直是白色恐怖嘛。
首先,我就方舟子对韩春雨论文中的几个电泳图提出的质疑说两句。方舟子认为这些电泳图是韩春雨造假的证据。据方舟子说,韩氏电泳图上条条在运动方向中间落后、两侧超出,不可能,肯定造假,而且是低级的PS。对此,有方舟子“超级粉丝” 非常诚恳地向他指出,在分子较小时这个现象经常发生,并不见得是造假。这条信息方舟子登在了新语丝网站上了,http://www.xys.org/xys/ebooks/others/science/dajia17/hanchunyu5.txt 应该算是承认了这个可能。网上搜索电泳图,类似的情况经常出现。大家可以去查查。
博主补充:我补充下面这个图
下面是专家就 JesseCai 的分析做出的评论。专家的评论我原文拷贝、用不同背景 颜色显示,我是外行,大家自己判断。科学辩论不是请客吃饭,对就是对,错就是错。
http://image.sciencenet.cn/home/201607/16/160051u2pvrb6rrpsz2zb2.jpg
补充:蔡注解5最后一句说:“韩文有数据说NgAgo不能切割线性DNA”,据此推断“NgAgo不能切割基因组,因为基因组DNA就是线性的”,这是没看懂韩的论文,而且反映了[..]分子生物学基础很差。韩的论文中的原文是:”NgAgo did not cleave linearized plasmid or ssDNA (Supplementary Fig. 3). These data
suggest that NgAgo is not an exonuclease.“, 意思是NgAgo 不能单独切割线性质粒DNA和ssDNA,也就是说必须有ssDNA和质粒DNA同时存在时才能切割,这说明NgAgo是内切酶而不是外切酶。
专家回复:需要学习的是你自己,既然发过几篇论文,怎么连个电泳图也看不懂?在图4e中,虽然NgAgo和Cas9的guider序列相同,但他们是不同的内切酶,切割位点不同。Cas9的切割位点在距离PAM序列四个碱基的位置,而NgAgo的切割位点是靶点内的序列,并且会随机抹掉一段靶点内的序列。
切割之后,在细胞内由内源核酸酶去除几个碱基,内源连接酶修复DNA双链切口,并造成突变型。
检测时,PCR扩增目标序列,由于野生型和突变型之间,NgAgo和Cas9切割位点处的差异,T7消化在再次从NgAgo和Cas9切割位点处切断。NgAgo和Cas9切割位点不同,产物长度自然不同。
NgAgo会随机抹掉一段靶点内的序列,所以产物较小。
verstehen?
图4a中,不同的guider DNA虽然位置有所不同,但被NgAgo的切割,并且随机抹掉一段靶点内的序列后,两端的长度在不同gDNA之间就都差不多了。
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GMT+8, 2024-12-23 19:54
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