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SANGER测序的傅里叶分析

已有 3342 次阅读 2016-8-3 02:55 |个人分类:反民科|系统分类:科研笔记

看了 《澳大利亚国立大学Burgio博士的实验事实上证实了NgAgo是有效的》一文中BURGIO的SANGER 测序结果(参见文末图)。我虽然对生物是外行,但是小学生看图还是会的。我觉得其测序对象是多种基因片段的混合似乎没有疑问,从峰值间距混乱就能看出来,图中甚至有发生 碱基几乎重合的情况 -- 多处 A、G几乎同时出现信号。

SANGER测序是将基因片段进行 PCR放大,但过程中分别加入四种终止性的放射性碱基,而产生自然数(1、2·、3...)长度(+primer)的片段。

现在我的问题是,如果假定是两种A、B的混合,是否能够从这个SANGER测序数据还原出A、B两种。这似乎是傅里叶分析的一个运用场所。

换言之,SANGER测序可否将多种基因混合,来次囫囵吞枣的放大(比如使用不是那么定向的PRIMER),然后进行一锅汤的测序,最后通过傅里叶分析将数据信号分解出各个基因独自的信号,因而实现同时测序? 我认为这是可行的。 如果目前 SANGER测序做不到,applying Fourier analysis to Sanger sequencing,我觉得那应该是测序技术的发展方向。


下图来源:BURGIO博客





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