博文
韩春雨NgAgo国际知识产权战可能爆发
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最近，张锋与 Doudna 的CRISPR-Cas9 专利纠纷双方已经完成所有证据提交与辩论，并进行了听证，相关裁决随时可能下达。为了这个专利诉讼，张锋的 EDITAS 公司耗费律师费据说高达 2000万美金；Doudna 方也消耗数百万美金。据我观察，张锋一方占据优势 -- 毕竟他在 Doudna 论文发表前就提交了真核细胞 CRISPR-Cas9 基因编辑的详细设计。相关技术与争议我 在《
CRISPR 基因编辑技术及张锋的贡献》，《 CRISPR基因编辑技术的显然性分析》讲过。
现在看来，韩春雨的 NgAgo 很可能再度引发一场专利争夺战。鉴于此，我决定将韩国人 Jin Soo Kim 的论文详细解读一下。
韩国人 Jin Soo Kim 的论文链接在 http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/20/101923.full.pdf。KIM 论文实验温度为 37摄氏度，其结果关键点总结如下。（注意，KIM 把 韩春雨的术语中 的 NgAgo+gDNA 改成了 NgAgo+gOND。下面 gDNA 与 gOND 为同义词（注一、二））
1）韩氏 NgAgo 是目前已知唯一用5'端羟化DNA做导引的核酸链剪刀 ；（no other eukaryotic or prokaryotic Ago proteins are guided by 5’-hydroxylated gODNs）；（见补充）
2）在试管实验中，韩氏 NgAgo 能够在导引 gDNA 指定位置 将单链 RNA 切断；
3）在试管实验中， 韩氏 NgAgo 能够将 DNA/RNA 复合体中的 RNA链 在导引指定位置切断 （ NgAgo can cleave the RNA strand in an extended DNA-RNA duplex, reminiscent of RNase H-like activity）（注：RNase H是不能定位的）；
4）韩氏 NgAgo 切断机制是将导引匹配区域的目标核酸链多处敲断 （The RNA substrate was cut at several positions within a 22-nt gODN-complementary target region）；
5）22 个 nt 的导引效率 跟大于23 nt 效率相当 （ The 22-nt gODN was as efficient as ≥ 23-nt gODNs ）；最少 13个 nt 就可以匹配；
6）导引中间段两个匹配错误即导致效率大降 （NgAgo complexed with ODNs harboring mismatches in nt positions 5-14 were poorly active），但末端不匹配则影响较小；
7) 对不同金属离子进行了测试，发现 Mn++ 离子效率最高，Mg++ 离子次之。
韩国人 KIM 论文中的大部分发现，包括 NgAgo 的剪切方式（如果目标是 DNA 而不是RNA），与韩春雨论文中一致。对这个比较感兴趣的，可以参见我之前的博文 《专家：方舟子胡乱打假 NgAgo》 ，《韩春雨 NgAgo 精确定位功能被验证-- 剑未出鞘剑气逼人》，《韩春雨 NgAgo 无 PAM 优势或被证明》中对韩氏 NgAGO 的介绍。
但是，在KIM的实验条件下，NgAgo +gDNA 未能对单链DNA或者双链DNA进行断链切割 （Single-stranded and double-stranded DNA molecules were not cleaved by the NgAgo DNP under our experimental conditions. ）
那么现在的问题是：韩国人 KIM 的实验条件下 NgAgo 未能切断单链DNA或双链DNA是否就证明 NgAgo 不能进行 DNA 编辑？
在DOUDNA 2016年 3月这篇 MpAgo 的论文中 （A bacterial Argonaute with noncanonical guide RNA specificity），她的研究小组发现使用 RNA 为导引的 MpAgo 能够在 60 摄氏度切割单链RNA与单链 DNA。从这一点看， AGO 蛋白能在指定位置切断 RNA 与 DNA 是完全可能的，并不是互相排斥 -- 毕竟RNA、DNA的差别仅仅是一个字符，而且这个差别并不影响配对。
所以，KIM 的实验条件下 NgAgo 未能切断 单链 DNA 应视为一个疑问。在KIM的实验中，NgAgo 能够切割 RNA+DNA 的复合体中的 RNA 也似乎说明 NgAgo 可能具备产生双链断裂的潜力。一旦实现定位，通过对 NgAgo 的调整改造，应该可以实现 DNA断链功能。
这些问题，最终得等待韩春雨提供的新旧数据的证实。
看到韩国人ＫＩＭ的论文，澳洲的 BURGIO 教授也不甘寂寞。他发表了一篇相当长的博文 （https://medium.com/@GaetanBurgio/is-ngago-a-genome-editing-tool-after-all-3cb668ec46a）。BURGIO 写道，韩春雨的中国专利申请已经撤销，NgAgo 技术已经是免费的了 （HUST doesn’t hold any intellectual property on NgAgo, in short the technology is free），如果诺维信想利用 NgAgo ，根本不需要河北科技大。BURGIO 还说，Jin Soo Kim 已经将 NgAgo 的RNA 干扰功能申请专利，诺维信到头来得向韩国人纳贡，相关知识产权之争将非常 精彩（This IP issue will be quite fascinating to follow up）。
未来围绕 NgAgo 的知识产权争夺或许将与 CRISPR 之战同样激烈。
中国生物界应该更多地以正面探索、而不是负面否定韩春雨为目的。
注一： gDNA 与 gODN 既然是一个东西，我看韩国人有谋篡嫌疑。
注二：我对英文生物词汇的中文翻译没有查英汉科技词典，不规范之处请指出。
补充：我之前写的【在此之前发现的CRISPR以及 AGO 都是用 RNA 作为导引；韩氏 NgAgo 是目前已知唯一用DNA（而不是 RNA）做导引的核酸链剪刀；】有误。
参考：《韩国人要抢韩春雨专利了》--高山
https://blog.sciencenet.cn/blog-684007-1029352.html
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