硅藻（Diatoms）贡献了地球上1/5的氧气和海洋生态系统中约50%的初级生产力，具有极其重要生态作用。硅藻物种多样性很高，估计有10万余种，从热带到极地，从强酸到强碱，从淡水到海水都有硅藻的存在。

   到目前为止，硅藻的分类体系主要有一下三种：

1. Simonsen的分类体系：Simonsen（1979）根据硅藻壳的形态特征和有性生殖的模式将硅藻纲分为中心目和羽纹目，其中羽纹目又分为无壳缝亚目和有壳缝亚目；

2. Round, Crawford & Mann 的分类体系。Round等（1990）在Simonsen分类体系的基础上，结合电子显微镜对壳微细特征的观察与叶绿体形态等特征结合，提出了新的分类体系。在其分类体系中，将硅藻纲（Bacillariophyceae）提升为硅藻门（Bacillariophyta）其下分三个纲分别为圆筛藻纲（Coscinodiscophyceae）、脆杆藻纲（Fragilariophyceae）和硅藻纲（Bacillariophyceae），分别对应Simonsen体系中的中心目，无壳缝目和有壳缝目；

3.Medlin等的分类体系。Medlin等（2004）引入分子生物学技术，主要根据SSU序列系统分析结果，结合形态学，有性生殖，化石等证据，将硅藻门分为圆筛藻亚门（Coscinodiscophytina），硅藻亚门（Bacillariophytina）。其中硅藻亚门又分为间藻纲（Mediophyceae）和硅藻纲。圆筛藻亚门下属圆筛藻纲。

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Simonsen, R. 1979. The diatom system: Ideas on phylogeny. Bacillaria 2: 9-71.

Round, F. E., Crawford, R. M. & Mann, D. G. 1990. The diatoms. pp.747. Cambridge Univ. Press, Cambridge.

MEDLIN L.K. & KACZMARSKA I. 2004. Evolution of the diatoms: V.Morphological and cytological support for the major clades and a taxonomic revision. Phycologia 43: 245–270.

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. . . molecular data are not a magic bullet for

species problems. They are data, no more, no less.

Some molecular data are informative, and others

are misleading. Molecular data are fraught with

many of the same difficulties as morphological

data . . .

Manhart and McCourt (1992)