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生命是可以测量的——那些已发表动植物基因组 精选

已有 17848 次阅读 2013-9-13 21:42 |系统分类:科普集锦| 高通量测序, 诺禾致源, 已发表动植物基因组

已发表基因组文章的物种汇总资料2013.09-06.xls

 在分子生物学领域的“圈内人”,如果还不了解全基因组测序的飞速发展,用娃娃的话说,那真是一个“奥特曼”了。高通量测序技术出现掀开了生命科学研究的新篇章,促进了许多研究方向的的复苏和蓬勃发展,同时也涌现了一些交叉学科。

2011年德国爆发急性肠出血性流行病疫情——极大困扰着英国剑桥市新生儿护理病房的医护人员。来自Sanger研究院的研究人员从多个患者身上取样,并采用Illumina MiSeq进行全基因组测序。通过生物信息学分析得知,在疫情爆发过程中发生了一系列小规模突变,流行病学家据此绘制出一个进化树,追踪疫情逐步靠近可疑的源头。文章作者Julian Parkhill表示:“基因测序提供了明晰的线索,这是其他方法难以做到的。”文章发表在流行病学顶级杂志The Lancet Infectious Diseases
        2012
年发表在science杂志旗下Science Translational Medicine另外一篇文章也同样表明了全基因组测序技术在流行病学中重要作用。位于马里兰州贝塞斯达市医疗中心出现了严重的血液传染病事件,在此次事件中,共有17名病人感染了血液传染病,并造成6人死亡。来自美国NIH人类基因组研究所的研究人员从病人体内和医院一些设备上采集了细菌样本,并对不同菌株的基因组进行测序。通过对突变菌株进行聚类分析,将病人分组,再结合病例住院的记录(入院时间、所在病房等)画出了最可能的传播路线。

基因组测序提供的详尽细节让传染病学家们真正地理解了疾病传播途径,详尽的追踪技术将带来更加完善的公共健康领域内的传染病学研究。所以流行病学家更有可能找到事件发生的真正原因,而非最简单的原因。这两件事让我们真实的看到了全基因组测序在流行病学的重要作用。

事实上,媲美曼哈顿和登月计划的“人类基因组计划”所带来的巨大作用正在逐渐显现,高通量测序技术走向个性化医疗已是大势所趋。全基因组测序使得生命可以测量,人们可以更加方便快捷的了解生命的奥秘。

目前已发表基因组序列的物种如下,对于进一步解析其生命活动提供了极大帮助。 

植物基因组
中文名发表时间 刊物IF基因组大小主要研究单位
拟南芥2000.12Nature 34.48125Mb欧美科学家共同完成
水稻2002.04Science 29.747466Mb中科院遗传所等
水稻2002.04Science 29.747467MbTorrey Mesa Research Institute
杨树2006.09Science 29.747480Mb美国橡树岭国家实验室等
葡萄2007.09Nature 34.48490Mb法国Genoscope国家基因测序中心等
衣藻2007.01Science29.747130 Mb美国加利福尼亚大学等
小立碗藓2008.01Science 29.747480Mb德国弗莱堡大学等
番木瓜2008.04Nature 34.48370Mb美国夏威夷农业研究中心等
三角褐指藻2008.11Nature34.4827.4Mb法国国家科学研究院等
高粱2009.01Nature 34.48730Mb美国乔治亚大学等
玉米2009.11Science 29.7472300Mb美国爱荷华州立大学等
黄瓜2009.11Nature Genetics 34.284350Mb中国农科院蔬菜花卉研究所等
大豆2010.01Nature 34.481100Mb美国HudsonAlpha基因组测序中心等
二穗短柄草2010.02Nature 34.48260Mb国际短柄草研究协会(IBI
褐藻2010.06Nature 34.48196Mb巴黎匹兹堡大学医学中心等
团藻2010.07Science 29.747138Mb美国能源部联合基因组研究所等
蓖麻2010.08Nature Biotechnology29.495350Mb美国JCV
小球藻2010.09Plant Cell9.29346Mb法国埃克斯马赛大学等
苹果2010.09Nature Genetics 34.284742Mb意大利农业研究所等
森林草莓2010.12Nature Genetics 34.284240Mb美国北德克萨斯大学等
可可树2010.12Nature Genetics 34.284430-Mb法国CIRAD
野生大豆2010.12PNAS9.432915.4 Mb韩国首尔国立大学等
褐潮藻类2011.02PNAS9.43257Mb美国纽约州立大学石溪分校等
麻风树2010.12DNA Res.3.525410Mb日本千叶县上总DNA研究所等
卷柏2011.05Science 29.747212Mb美国普度大学等
枣椰树2011.05Nature biotechnology29.495685Mb卡塔尔威尔康奈尔医学院等
琴叶拟南芥2011.05Nature Genetics 34.284206.7 Mb美国南加州大学
马铃薯2011.07Nature34.48844MbBGI、中国农科院蔬菜花会所等
条叶蓝芥2011.08Nature Genetics 34.284140Mb伊利诺伊大学等
白菜2011.08Nature Genetics 34.284485Mb中国农科院蔬菜花会所等
印度大麻2011.10Genome biology6.89534MbNational Research Council of Canada,
木豆2011.11Nature biotechnology29.495833Mb国际半干旱地区热带作物研究所等
蒺藜苜蓿2011.11Nature34.48500Mb美国明尼苏达大学等
蓝载藻(灰胞藻门)2012.02Science29.74770Mb美国罗格斯大学等
粟(谷子)2012.05Nature biotechnology29.495423 MbBGI和张家口市农业科学院等
番茄2012.05Nature34.48 760Mb 美国康奈尔大学等
甜瓜2012.07PNAS9.432375Mb 西班牙的九个研究中心
香蕉2012.07Nature34.48523Mb 法国CIRAD
棉花2012.08Nature Genetics 34.284775Mb农科院,北大,华大基因
大麦 2012.10Nature34.485.1Gb国际大麦基因组协作组织
2012.11Genome Research 13.608527Mb南京农业大学等
西瓜2012.11Nature Genetics 34.284425Mb北京农林科学研究院等
甜橙2012.11Nature Genetics 34.284367Mb华中农业大学等
小麦2012.11Nature 34.4817Gb利物浦大学等
梅花2012.12Nature Communication7.396280Mb北京林业大学等
鹰嘴豆2013.1Nature Biotechnology29.425738Mb印度ICRISAT
毛竹2013.2Nature Genetics34.2842.075G中国林业科学研究院林业研究所
角叉菜2013.2PNAS9.681105Mb国国家科学研究中心等
小麦A基因组2013.3Nature34.484.94Gb中国科学院遗传与发育生物学研究所等
小麦D基因组2013.3Nature34.484.36Gb中国农科院作物科学研究所等
桃树2013.3Nature Genetics34.284265Mb国际桃基因组计划协作组
短花药野生稻2013.3Nature Communication7.396261Mb中科院遗传与发育生物学研究所等
2013.5.10Genome biology9.04929Mb武汉植物园
枣椰树2013.8.6Nature Communications10.015605.4Mb中科院北京基因组研究所
动物基因组     
中文名发表时间 刊物刊物基因组大小主要研究者及国家
秀丽隐杆线虫1998.12Science29.74797MbThe C. elegans Sequencing Consortium
果蝇2000.03Science29.747120MbCelera Genomics等
冈比亚按蚊2002.10Science 29.747280Mb美国塞雷拉基因组公司等
小家鼠2002.12Nature 34.482.5 GbMouse Genome Sequencing Consortium
红鳍东方豚2002.12Science 29.747380Mb新加坡分子与细胞生物学研究院等
玻璃海鞘2002.12Science 29.747150Mb美国能源部JGI等
线虫2003.11PLoS Biology13.501104Mb美国冷泉港等
褐家鼠2004.04Nature 34.482.75 Gb美国得克萨斯州贝勒医学院等
黑斑鲀2004.10Nature 34.48340Mb法国、西班牙、美国
家蚕2004.12Science29.747428.7 Mb西南大学等
2004.12Nature34.481.06Gb中国华大基因等
克氏锥虫2005.07Science29.74767Mb美国罗克维尔市基因组研究院等
黑猩猩2005.09Nature 34.482.7Gb美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
2005.12Nature 34.482.5 Gb美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
意蜂2006.10Nature34.48236Mb人类基因组测序中心等
海胆2006.11Science29.7471Gb人类基因组测序中心等
姥鲨2007.04Plos Biology13.5010.91Gb新加坡分子与细胞生物学研究院等
猕猴2007.04Science 29.7472.87Gb人类基因组测序中心等
短尾负鼠2007.05Nature 34.483.4Gb美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
青鳉鱼2007.06Nature34.48700Mb日本东京大学等
伊蚊2007.06Science 29.7471376Mb美国MCD基因组研究院等
马来线虫2007.07Science 29.74790Mb美国匹兹堡大学等
海葵2007.07Science 29.747357Mb美国JGI能源部等
2007.11Genome Research 11.22.7Gb马里兰州国立癌症研究所等
赤拟谷盗2008.04Nature 34.48204Mb人类基因组测序中心等
鸭嘴兽2008.05Nature 34.481.84Gb美国华盛顿大学等
文昌鱼2008.06Nature 34.48520Mb美国JGI能源中心等
丝盘虫2008.08Nature 34.48104Mb美国加利福尼亚大学等
南方根瘤线虫2008.08Nature Biotechnology29.49586MbI法国国家农业研究所等
古猛犸象2008.11Nature 34.484.7Gb美国宾夕法尼亚州立大学等
2009.04Science 29.7472.87 Gb人类基因组测序中心等
曼氏血吸虫2009.07Nature 34.48360MbSanger研究院等
日本血吸虫2009.07Nature 34.48397Mb中国国家人类基因组中心等
2009.11Science 29.7472.7Gb美国博德研究所等
熊猫2010.01Nature 34.482.25Gb深圳华大基因研究院
金小蜂2010.01Science 29.747295Mb美国罗切斯特大学等
豌豆蚜虫2010.02PLoS Biol.13.501517Mb国际蚜虫基因组协会
水螅2010.03Nature 34.481.05Gb美国JGI能源部等
非洲爪蟾2010.04Science29.7471.7 Gb美国JGI能源部等
珍珠鸟2010.04Nature 34.481.2Gb美国华盛顿大学等
人类体虱2010.07PNAS9.432110Mb美国伊利诺斯大学等
海绵2010.08Nature34.48190Mb美国加利福尼亚大学等
蚂蚁2010.08Science29.747C. floridanus240 Mbb; H. saltator330 Mbb纽约大学等
火鸡2010.09PLoS Biology13.5011.1 Gbb美国动物家禽科学部等
库蚊2010.10Nature34.48540Mb美国加州大学河滨分校等
异体住囊虫2010.11Science29.747148Mb法国CEA等
红毛猩猩2011.01Nature34.483.09Gb美国华盛顿大学基因组中心等
阿根廷蚁2011.01PNAS9.432250.8Mb美国旧金山大学等
红色收割蚁2011.01PNAS9.432250–284 Mb美国里士满厄尔汉学院等
火蚁2011.01PNAS9.432484.2Mb瑞士洛桑大学等
水蚤2011.02Science29.747200Mb美国印第安纳大学等
大头切叶蚁2011.02PLoS Genetics9.532300Mb美国威斯康星-麦迪逊大学等
旋毛虫2011.02Nature Genetics 34.28464Mb美国华盛顿大学医学院等
袋獾2011.06PNAS9.4323.3Gb澳大利亚罗伊癌症研究中心等
顶切叶蚁2011.06Genome Research 11.2313Mb哥本哈根大学等
鹿角珊瑚2011.07Nature34.48420Mb日本冲绳县科学与技术研究所等
缅甸蟒2011.07Genome Biology 6.891.4Gb科罗拉多大学医学院等
大西洋鳕鱼2011.08Nature34.48830Mb挪威奥斯陆大学等
澳大利亚袋鼠2011.08Genome Biology6.892.9Gb澳大利亚袋鼠基因组研究中心等
绿蜥蜴2011.09Nature34.481.78Gb美国哈佛-麻省理工的博德研究所等
裸鼹鼠2011.10Nature34.482.6Gb韩国梨花女子大学等
食蟹猴和中国恒河猴2011.10Nature Biotechnology29.4952.85Gb中山大学、BGI
猪蛔虫2011.10Nature34.48272MbBGI,墨尔本大学等
二斑叶螨(棉红蜘蛛)2011.11Nature34.4890Mb西安大略大学等
帝王蝶2011.11Cell31.152273Mb马萨诸塞大学医学院、等
指猴(夜狐猴)2011.12Genome Biology and Evolution2.6743Gb芝加哥大学、维尔康奈尔医学院
埃及血吸虫2012.01Nature Genetics 34.284385MbBGI、墨尔本大学等
鳄鱼2012.01Genome Biology6.892.5Gb加利福尼亚大学、佛罗里达大学等
大猩猩2012.03Nature 34.483.04Gb英国韦尔科姆基金会桑格研究所等
马氏珠母贝2012.04DNAresearch3.5251.15Gb日本冲绳县科学与技术研究所等
诗神袖蝶2012.05Nature 34.48269Mb伦敦大学学院、剑桥大学等
倭黑猩猩2012.06Nature 34.483Gb德国马克斯普朗克人类进化研究所等
牦牛2012.07Nature genetics34.482.6Gb华大基因
牡蛎2012.09Nature34.48559Mb中国科学院海洋所等
双峰骆驼2012.11Nature Communication7.3962.38Gb内蒙古大学等
2012.11Nature34.482.6Gb国际家猪基因组测序协作组
中央狐蝠2012.12Science31.2012Gb深圳华大基因研究院等
大卫鼠耳蝠2012.12Science31.2012Gb深圳华大基因研究院等
山羊2012.12Nature Biotechnology29.4252.66Gb昆明动物所等
海洋蠕虫2012.12Nature34.48324Mb莱斯大学等
淡水水蛭2012.12Nature34.48228Mb莱斯大学等
青螺2012.12Nature34.48348Mb莱斯大学等
小菜蛾2013.1Nature Genetics34.284339.4Mb福建农林大学等
家鸽2013.1Science 31.2011.3Gb犹他大学等
中国树鼩2013.2Nature Communication7.3963.2Gb(2.86G bassembled)中科院昆明动物所等
海七鳃鳗2013.2Nature Genetics34.284816Mb美国海洋生物学实验室等
非洲眼丝虫2013.3Nature Genetics34.28491.4Mb美国国立卫生研究院等
游隼/猎隼2013.3Nature Genetics34.2841.2Gb英国卡迪夫大学等
西部锦龟2013.3Genome Biology9.042.59Gb美国加州大学等
绦虫2013.3Nature34.48115Mb-141MbSanger研究院等
腔棘鱼2013.4Nature34.482.18Gb美国Benaroya研究所等
剑尾鱼2013.3.31Nature Genetics34.284669Mb华盛顿大学医学院等
斑马鱼41381Nature34.481.412Gb英国桑格研究院
中华鳖和绿海龟2013.4.28Nature Genetics34.2842.21Gb/2.24Gb深圳华大基因研究院
藏羚羊2013.5Nature Communication7.3962.75Gb青海大学等
2013.6.09Nature Genetics34.2841.1GB中国农业大学等
蚊子2013.6.12Nucleic Acids Research8.278201Mb美国加州大学尔湾分校等
地山雀2013.7.1Nature Communication10.0151.086Gb中科院动物研究所、诺禾致源
黑线仓鼠2013.7.21Nature Biotechnology32.4382.7G深圳华大基因研究院
扬子鳄2013.8.06Cell  research10.5262.3G浙江大学等
蛭形轮虫2013.8.22Nature38.597244Mb美国那慕尔大学等

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