多倍体物种中每条染色体有超过两个拷贝，世界上许多重要作物都是多倍体物种。多倍体遗传图谱的构建相比于二倍体要复杂得多，以致相关的软件工具非常稀少。对于多倍体作物的遗传研究和育种来说，设计专门的软件构建遗传图谱是很有必要的。

2018 年 10 月 15 日，Bioinformatics 杂志在线发表了 Bourke 等人完成的关于 polymapR 的论文。polymapR 是一个针对同源多倍体异交的双亲群体做遗传连锁分析并构建整合遗传图谱的 R 包。它可以分析三倍体、四倍体和六倍体物种的分子标记数据，可应用于包括土豆、韭菜、苜蓿、蓝莓、菊花、红薯和猕猴桃等。它可以检测、估计并纠正优先的染色体配对情况，并经过了土豆、月季和菊花的高密度分子标记数据集的测试，且在所有这些物种中都生成了高密度的整合连锁图图谱。

polymapR 在 CRAN 平台发布，免费使用，网址为：http://cran.r-project.org/package=polymapR。

下图为 polymapR 绘制的连锁图谱。左图为四倍体数据构建的整合图谱；右图为三倍体数据构建的其中一条染色体的单倍体图谱，h1-h4 为四倍体母本的图谱，h5-h6 为二倍体父本的图谱。

除了这篇论文介绍的 polymapR，构建多倍体物种遗传图谱的软件还有两个，分别为 TetraploidSNPMap （TSNPM）和 PERGOLA。两者都是 2017 年发表的，前者是基于 Windows 操作系统的，后者也是 R 包。不过，TSNPM 只能分析异源四倍体数据，PERGOLA 只能分析 F2 或回交群体。

参考文献

1. Peter M Bourke, Geert van Geest, Roeland E Voorrips, Johannes Jansen, Twan Kranenburg, Arwa Shahin, Richard G F Visser, Paul Arens, Marinus J M Smulders, Chris Maliepaard. polymapR—linkage analysis and genetic map construction from F1 populations of outcrossing polyploids. Bioinformatics 2018, 34(20):3496-3502. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty371

2. http://cran.r-project.org/package=polymapR

3. Christine A. Hackett, Bram Boskamp, Athanasios Vogogias, Katharine F. Preedy, Iain Milne. TetraploidSNPMap: Software for Linkage Analysis and QTL Mapping in Autotetraploid Populations Using SNP Dosage Data. Journal of Heredity, 108(4):438-442. https://doi.org/10.1093/jhered/esx022

4. Fabian Grandke, Soumya Ranganathan, Nikkie van Bers, Jorn R. de Haan, Dirk Metzler. PERGOLA: fast and deterministic linkage mapping of polyploids. BMC Bioinformatics, 2017, 18:12. https://doi.org/10.1186/s12859-016-1416-8

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