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外泌体microRNA检测时选择什么做内参基因?

已有 4106 次阅读 2019-8-8 15:19 |系统分类:科研笔记| 外泌体, miRNA检测, Umibio, 宇玫博, 外泌体mirna内参

外泌体microRNA检测时选择什么做内参基因?

 

       在进行细胞、血液、组织microRNA检测时,我们常用选择U6做内参基因。U6属于细胞内有核小RNA(small nuclear RNAsnRNA),是真核生物转录后加工过程中RNA剪接体(spliceosome)的主要成分,长度约为100-215个核苷酸,参与mRNA前体的加工过程。U6稳定、含量丰富、高度保守、在真核细胞内都普遍存在。那么问题来了,在外泌体miRNA检测时U6是否可以作为的内参基因呢?

Fig.1.png

Fig. 1 U6 snRNA结构示意图

 

外泌体是由细胞内多泡体不细胞膜融合后,释放到细胞外的一种直径约30~150nm的膜性囊泡,主要成分为蛋白质、酶、mRNAmiRNADNA片段和脂质等,其中miRNA是的外泌体主要核酸成分,目前成为诸多疾病诊断的潜在标志物了,但是在临床样品检测过程中,外泌体miRNA检测至今还没有一个公认的内参基因

Fig.2.png

Fig.2 外泌体结构示意图

已经发表的文章中是选择什么内参基因做外泌体miRNA检测的呢?这里对外泌体miRNA检测中用到的内参基因做了些整理:

1:通过系统性的算法分析出来的内参基因:

Table 1.png

     2:实验中具体使用的内参基因:

Table 2.png

 

为了方便大家在后期实验中选择外泌体miRNA的内参基因,我们针对文献中的信息做了简单的统计。

 

外泌体miRNA qPCR内参出现的样品种类和基因频率总结如下:


细胞上清液

内参

出现频率

mi-16

1

snRNA u6

1

let-7a

1

尿液

内参

出现频率

hy3

1

snRNA U48

1

snRNA u6

1

miR-16

1

miR-320

1

血浆

内参

出现频率

miR-126

1

miR-145

1

miR-28-3p

1

miR-30a-5p

1

miR-30e-5p

1

血清

内参

出现频率

内参

出现频率

mir-221

3

snRNA u6

4

mir-103

2

mi-16

1

let-7a

4

hy3

2

mir-26a

3

snRNA U48

2

mir-191

1

miR-181c

1

mir-181a

2

miR-451

1

 

那么实验中到底该如何选择外泌体microRNA检测的内参基因呢?非常抱歉,目前没有标准答案。但是基于我在宇玫博生物实验室的一些检测情况,建议大家在检测过程中,设置两个内参基因,优先选择已经有文献支持的内参基因。在结果分析的时候,以系统中最稳定的内参基因来做数据分析,这样获得的结果可靠性更高一些。

 

参考文献:

1.   2015 Breast-cancer-secreted miR-122 reprograms glucose metabolism in premetastatic niche to promote metastasis.

2.   2015 Assessment of endogenous reference gene suitability for serum exosomal microRNA expression analysis in liver carcinoma resection studies.

3.   2015 Identification of Endogenous Controls for Analyzing Serum Exosomal miRNA in Patients with hepatitis B or hepatocellular carcinoma.

4.   2016 Evaluation of optimal extracellular vesicle small RNA isolation and qRT-PCR normalisation for serum and urine.

5.   2016 The choice of endogenous controls in exosomal microRNA assessments from biofluids.

6.   2017 Identification of miR-16 as an endogenous reference gene for the normalization of urinary exosomal miRNA expression data from CKD patients.

7.   2017 microRNAs and Reference Gene Methodology.

 

如需文献原文,请邮件至umibio@umibio.cn进行索要。




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