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[转载]QIIME2-2019.10更新学习笔记

已有 252 次阅读 2019-11-11 15:27 |个人分类:biology|系统分类:科研笔记|文章来源:转载

QIIME2 2019.10发布了,虽然已经是11月份,依然对这个版本有满满的期待,看看这个版本改进了什么吧!

下一个版本将会是2020.1,虚拟机镜像将在下周发布。

发布亮点:

QIIME 2 Framework

1.在TextFileFormat和BinaryFileFormat类中添加了一个view方法,该方法可简化类型转换(尤其是对于开发人员!)。

2.更新了规范QIIME 2引用的引用信息(Bolyen et al., 2019 Nature Biotechnol) Biotechnol)

3.升级了我们的核心发行版,以使用最新(也是最出色)的Pandas版本。

4.实施了一项备受追捧的功能-通过Artifact API构造的元数据现在可以去掉所有的空格。这对于数十个允许将各种语义类型作为元数据“查看”的转换器非常有用!修复了阻止MetadataColumnvalue被正确解码的错误-这主要是q2studio的问题。

5.对使用networkx软件包的框架实用程序进行了一些更改-QIIME 2现在与该工具的最新版本兼容!

docs

1.更新了教程,以反映对要素表热图API的更改(主要是参数从metadata重命名为Sample-Metadata)。

2.增加了教程“Q2的系统发育推断-系统发育”。:evergreen_tree:这是他的同名社区教程的最新版本.

3.在帕金森氏症的老鼠教程中添加了一个漂亮的新部分,该部分演示了如何创建定制分类器。

4.在帕金森的老鼠教程数据集中发现了一个讨厌的拼写错误,但幸运的是那些日子已经过去了!

5.在QIIME 2 Docs的“数据资源”页面上创建了一个新的“ SEPP Refs”部分-这些方便的小型数据库可用于q2-fragment-insertion!

6.重写了QIIME 2术语1的用户词汇表-如果您曾经对我们对“workflow”或“pipeline”等词的定义感到困惑,这是为您准备的页面!

Library

QIIME 2团队的首席投影设计大师做了他最擅长的事情:增强库上的投影!

q2cli

1.修复了导致帮助文本生成明显减慢的错误!对于普通用户来说,这不是什么大问题,但是,如果你在构建QIIME2个文档的工作里,这种放缓显著。

2.修复了阻止导出到本地路径的错误。

3.修复了将文件保存到不存在的目录时导致爆炸的错误。

4.改进了识别无效初始值时显示的错误消息-以前的错误消息非常不透明,现在它实际上告诉您错误是什么!

q2-feature-classifier

1.在extract_reads方法中公开了新的n_jobs和batch_size参数,允许该方法并行化。

2.更改了extract-reads,因此它现在将确保min-len在执行之前大于trunc-len减去trim-left。

q2-sample-classifier

1.将热图可视化器添加到了classify-samples流程。

2.修正了混淆矩阵中导致ROC绘图在不分层、不平衡数据上失败的错误。

3.将cividis添加到可用的颜色图列表中。

4.增加了调整混淆矩阵热图颜色比例的能力。

5.对此插件中定义的转换器进行了一些更新,以使其能够与最新版本的Pandas一起使用。

6.为metatable动作添加了一个新的drop_all_unique参数-这可以防止具有所有唯一列的元数据破坏“party”。

7.修复了此插件产生的热图可视化中的一个错误,该错误导致某些单元格被修剪,看起来很奇怪!

q2-feature-table

1.已将cividi添加到热图的可用颜色映射表列表中。

2.更新了热图,以同时接受样本元数据和特征元数据,从而可以沿每个轴标注样本/特征。

q2-longitudinal

1.将cividis添加到可用的颜色图列表中。

2.通过内置一个简单的“过滤器”系统,使plot-feature-volatility的可视化效果更高-默认情况下,仅会显示前100个最重要的特征。 还有其他一些过滤重要性的机制-在此处查看文档!

q2-gneiss

1.在gradient_clustering方法中创建了一个新的ignore_missing_samples参数,该参数允许忽略metadata中的任何丢失样本。

2.对此插件中定义的测试套件进行了一些更新,以使其能够与最新版本的Pandas一起使用。

q2-types

1.从TaxonomyFormat和TSVTaxonomyFormat中删除了空格和注释支持。 这些元素通常引起的问题多于解决的问题,因此我们决定与格式的这些方面分开。

2.为了使DNAFASTAFormat禁止重复记录,在ID的开头禁止空格以及其他一些内部管理元素。

3.加强对TSVTaxonomyFormat的验证-导入或创建这些文件之一时出现问题,将向用户显示更清晰的错误消息!

q2-deblur

1.发出了一个新警告,以防止在示例ID中使用下划线(deblur无法处理)。

2.摆脱了该插件源代码中潜伏的剩余许可证文件!

q2-emperor

1.此版本使用的是Emperor的最新版本(1.0.0-beta.20)。

2.杂项错误修复和性能改进:

  • 改善错误消息,以查找缺少或不匹配的 feature metatdata。

  • 对于大图,解决了一个隐藏对象仍可单击的问题。

  • 修复了从设置文件错误加载轴方向的错误。

  • 改进了具有大量时间点的动画的性能。

3.新功能:

  • 将搜索栏添加到每个选项卡,以缩小您对任何元数据列感兴趣的值。

  • 根据当前选择的调色板将颜色列表添加到颜色选择器。

  • 添加了使用平行图可视化多个维度的能力。转到Axes(轴)选项卡,然后单击Parallel(平行)或Scatter(散布)以更改绘图类型。

以下动画GIF展示了所有三个新功能:

q2-diversity

1.在alpha-correlation可视化工具中实现了一个新的intersect_ids功能。 此参数允许过滤掉两个输入中都没有找到的样本metadata或SampleData [AlphaDiversity]中的ID(这些ID以前会作为错误终止)。

2.在稀释时使core-metrics/core-metrics-phylogenetics流程有了subsample-with-replacement的能力。

3.修复了beta组显著性可视化中的一个错误,该错误导致某些框线图和PDF无法显示。 这主要是由于在用于计算可视化的metadata中包含任何种类的非字母数字字符造成的。

q2-vsearch

在join-pairs中为我们提供了一个甜美的新功能-可以指定完成任务所需的执行线程数量!

q2-taxa

在此插件的barplot可视化工具上放了一个放大镜-瞧,发现了一个简单但重要的错字-本应使用“样本”一词时使用了“功能”一词时出错。 有趣的是,如此小的语言变化如何产生如此不同的结果!

q2-fragment-insertion

1.将SILVA 128带到了sepp方法上,倍感欣喜!此方法不再包含“默认”参考数据库(以前是GreenGenes)-现在,用户可以从Docs中获取方便的SEPP数据库引用(选择您最喜欢的-SILVA或GG!)。将来,我们希望公开新方法以支持导入和准备任何数据库,敬请期待。要了解这一新操作,嗯,请查看帕金森氏症的老鼠教程。

q2-dada2

更新了DADA2StatsFormat,以包括一些新的计算列,这样您就不必做心算来计算合并的读取百分比。

快乐Qiiming吧!

之前的几次更新在这里:

  1. qiime2-2019.4更新学习笔记

  2. QIIME 2 2019.7 更新

  3. QIIME2-CLI更新学习笔记

  4. qiime2-2019.1更新学习笔记

  5. qiime2-2018.11发布学习笔记

https://jiawen.zd200572.com/1358.html



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