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[转载]QIIME2-2019.10更新学习笔记
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QIIME2 2019.10发布了，虽然已经是11月份，依然对这个版本有满满的期待，看看这个版本改进了什么吧！
下一个版本将会是2020.1，虚拟机镜像将在下周发布。
发布亮点：
QIIME 2 Framework
1.在TextFileFormat和BinaryFileFormat类中添加了一个view方法，该方法可简化类型转换（尤其是对于开发人员！）。
2.更新了规范QIIME 2引用的引用信息(Bolyen et al., 2019 Nature Biotechnol) Biotechnol）
3.升级了我们的核心发行版，以使用最新（也是最出色）的Pandas版本。
4.实施了一项备受追捧的功能-通过Artifact API构造的元数据现在可以去掉所有的空格。这对于数十个允许将各种语义类型作为元数据“查看”的转换器非常有用！修复了阻止MetadataColumnvalue被正确解码的错误-这主要是q2studio的问题。
5.对使用networkx软件包的框架实用程序进行了一些更改-QIIME 2现在与该工具的最新版本兼容！
docs
1.更新了教程，以反映对要素表热图API的更改(主要是参数从metadata重命名为Sample-Metadata)。
2.增加了教程“Q2的系统发育推断-系统发育”。：evergreen_tree：这是他的同名社区教程的最新版本.
3.在帕金森氏症的老鼠教程中添加了一个漂亮的新部分，该部分演示了如何创建定制分类器。
4.在帕金森的老鼠教程数据集中发现了一个讨厌的拼写错误，但幸运的是那些日子已经过去了！
5.在QIIME 2 Docs的“数据资源”页面上创建了一个新的“ SEPP Refs”部分-这些方便的小型数据库可用于q2-fragment-insertion！
6.重写了QIIME 2术语1的用户词汇表-如果您曾经对我们对“workflow”或“pipeline”等词的定义感到困惑，这是为您准备的页面！
Library
QIIME 2团队的首席投影设计大师做了他最擅长的事情：增强库上的投影！
q2cli
1.修复了导致帮助文本生成明显减慢的错误！对于普通用户来说，这不是什么大问题，但是，如果你在构建QIIME2个文档的工作里，这种放缓显著。
2.修复了阻止导出到本地路径的错误。
3.修复了将文件保存到不存在的目录时导致爆炸的错误。
4.改进了识别无效初始值时显示的错误消息-以前的错误消息非常不透明，现在它实际上告诉您错误是什么！
q2-feature-classifier
1.在extract_reads方法中公开了新的n_jobs和batch_size参数，允许该方法并行化。
2.更改了extract-reads，因此它现在将确保min-len在执行之前大于trunc-len减去trim-left。
q2-sample-classifier
1.将热图可视化器添加到了classify-samples流程。
2.修正了混淆矩阵中导致ROC绘图在不分层、不平衡数据上失败的错误。
3.将cividis添加到可用的颜色图列表中。
4.增加了调整混淆矩阵热图颜色比例的能力。
5.对此插件中定义的转换器进行了一些更新，以使其能够与最新版本的Pandas一起使用。
6.为metatable动作添加了一个新的drop_all_unique参数-这可以防止具有所有唯一列的元数据破坏“party”。
7.修复了此插件产生的热图可视化中的一个错误，该错误导致某些单元格被修剪，看起来很奇怪！
q2-feature-table
1.已将cividi添加到热图的可用颜色映射表列表中。
2.更新了热图，以同时接受样本元数据和特征元数据，从而可以沿每个轴标注样本/特征。
q2-longitudinal
1.将cividis添加到可用的颜色图列表中。
2.通过内置一个简单的“过滤器”系统，使plot-feature-volatility的可视化效果更高-默认情况下，仅会显示前100个最重要的特征。 还有其他一些过滤重要性的机制-在此处查看文档！
q2-gneiss
1.在gradient_clustering方法中创建了一个新的ignore_missing_samples参数，该参数允许忽略metadata中的任何丢失样本。
2.对此插件中定义的测试套件进行了一些更新，以使其能够与最新版本的Pandas一起使用。
q2-types
1.从TaxonomyFormat和TSVTaxonomyFormat中删除了空格和注释支持。 这些元素通常引起的问题多于解决的问题，因此我们决定与格式的这些方面分开。
2.为了使DNAFASTAFormat禁止重复记录，在ID的开头禁止空格以及其他一些内部管理元素。
3.加强对TSVTaxonomyFormat的验证-导入或创建这些文件之一时出现问题，将向用户显示更清晰的错误消息！
q2-deblur
1.发出了一个新警告，以防止在示例ID中使用下划线（deblur无法处理）。
2.摆脱了该插件源代码中潜伏的剩余许可证文件！
q2-emperor
1.此版本使用的是Emperor的最新版本（1.0.0-beta.20）。
2.杂项错误修复和性能改进：
改善错误消息，以查找缺少或不匹配的 feature metatdata。
对于大图，解决了一个隐藏对象仍可单击的问题。
修复了从设置文件错误加载轴方向的错误。
改进了具有大量时间点的动画的性能。
3.新功能：
将搜索栏添加到每个选项卡，以缩小您对任何元数据列感兴趣的值。
根据当前选择的调色板将颜色列表添加到颜色选择器。
添加了使用平行图可视化多个维度的能力。转到Axes(轴)选项卡，然后单击Parallel(平行)或Scatter(散布)以更改绘图类型。
以下动画GIF展示了所有三个新功能：
q2-diversity
1.在alpha-correlation可视化工具中实现了一个新的intersect_ids功能。 此参数允许过滤掉两个输入中都没有找到的样本metadata或SampleData [AlphaDiversity]中的ID（这些ID以前会作为错误终止）。
2.在稀释时使core-metrics/core-metrics-phylogenetics流程有了subsample-with-replacement的能力。
3.修复了beta组显著性可视化中的一个错误，该错误导致某些框线图和PDF无法显示。 这主要是由于在用于计算可视化的metadata中包含任何种类的非字母数字字符造成的。
q2-vsearch
在join-pairs中为我们提供了一个甜美的新功能-可以指定完成任务所需的执行线程数量！
q2-taxa
在此插件的barplot可视化工具上放了一个放大镜-瞧，发现了一个简单但重要的错字-本应使用“样本”一词时使用了“功能”一词时出错。 有趣的是，如此小的语言变化如何产生如此不同的结果！
q2-fragment-insertion
1.将SILVA 128带到了sepp方法上，倍感欣喜！此方法不再包含“默认”参考数据库（以前是GreenGenes）-现在，用户可以从Docs中获取方便的SEPP数据库引用（选择您最喜欢的-SILVA或GG！）。将来，我们希望公开新方法以支持导入和准备任何数据库，敬请期待。要了解这一新操作，嗯，请查看帕金森氏症的老鼠教程。
q2-dada2
更新了DADA2StatsFormat，以包括一些新的计算列，这样您就不必做心算来计算合并的读取百分比。
快乐Qiiming吧！
之前的几次更新在这里：
https://jiawen.zd200572.com/1358.html
https://blog.sciencenet.cn/blog-623545-1205706.html
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