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https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860
qiime1已经不更新的维护,虽然可以使用,毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的,毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速,以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了,所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。
当你在bash或者zsh中激活conda环境时,tab自动补全功能会自动可用。
1、qiime tools import命令
–source-format 选项重命名为--input-format
1 | qiime tools import \ |
2 | -- type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ |
3 | --input-path pe-64-manifest \ |
4 | --output-path paired-end-demux.qza \ |
5 | --<span style= "color: #ff0000;" >input- format < /span > PairedEndFastqManifestPhred6 |
2.qiime tools export
input选项被--input-path
选项代替, --output-dir
选项重命名为--output-path
。
1 | qiime tools export \ |
2 | --input-path unrooted-tree.qza \ |
3 | --output-path exported-tree |
qiime tools extract
同样是input选项被--input-path
选项代替, --output-dir
选项重命名为--output-path
。
1 | qiime tools extract \ |
2 | --input-path feature-table.qza |
3 | --output-path extracted-feature-table |
更正了一个bug,q2-cutadapt插件的trim-paired
命令会错误的执行trim。没有发现其他大的更新。
增加了一个命令qiime tools citations
,可以打印相关Artifact或者Visualization结果,过括最早的引用文献。只会给出这个或者更新的版本用到的,不会给出之前版本的。
增加了一个–citations标签,可以这样使用,qiime <plugin> --citations
和 qiime <plugin> <action> --citations
。会给出一个BibTeX格式的参考文献。
qiime info –citations被移去,原因是以上选项代替了。
修复–verbose不能经常给出期望输出。
metadata改动,之前qiime2接受metadata的选项结尾是-category,现在改为-column,例如–m-metadata-category –>–m-metadata-column。继续用原来的命令会报错。
增加了一个子命令qiime tools inspect-metadata
! ,用来检查metadata的可用性。
metadata格式的变化(新格式基本兼容前面格式,包括qiime1的):1.必须的文件头。 大小写不敏感的有:
大小写敏感的 (主要是为了兼容 QIIME 1, biom格式和 Qiita文件):
#SampleID
#Sample ID
#OTUID
#OTU ID
sample_name
id
sampleid
sample id
sample-id
featureid
feature id
feature-id
2.缺失的数据,用一个空单元格代替,NA
, nan等不再y认为是数据缺失。
3.之前不好区分一列是数字型的数据还是分类型的数据(如果分类型的数据也全是数字的话)。这里增加一列特别注释指示,允许用户指定一个列的类型。比如这个表的第二列:
#SampleID | Subject | BodySite | DaysSinceExperimentStart |
---|---|---|---|
#q2:types | categorical | categorical | numeric |
sample-1 | 1 | gut | 20 |
sample-2 | 1 | tongue | 25 |
sample-3 | 2 | gut | 15 |
sample-4 | 2 | tongue | 42 |
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