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circos学习笔记(一)

已有 9270 次阅读 2017-10-11 12:49 |系统分类:科研笔记| circos, 基因组作图

在我的腾讯微云里找到了一个上研究生阶段细菌基因组的测序拼接结果,想画个圈图玩玩,于是找到了circos(基因组圈图的绘制),发现还总是把它与cytoscape(网络可视化)混了,也是醉了,本来以为是一个的,原来是不同的,一个是用perl写的(前者),后者是用java的。

下面,说一下我的安装过程,就是普通的perl,模块安装,然后解压就好了。我是在Windows下用的,win7 32bit,2G ram,电脑性能较差,不知对较大的文件是否能跑起来。

参考了生信技能树论坛上生信媛的帖子: http://www.biotrainee.com/thread-753-1-1.html

又发现用rcircos民可以,jimmy的教程:https://mp.weixin.qq.com/s/QMYRoYktlu0bUTsUCsM4Fg

1.首先安装Strawberry Perl,http://strawberryperl.com/ 2.然后安装相应的模块:

安装使用cpan,就是打开cmd或者powershell,输入cpan,然后install +包名称就好了。

Config::GeneralFile::BasenameFile::Spec::FunctionsGDGD::PolylineGetopt::LongIO::FileList::UtilMath::BezierMath::BigFloatMath::RoundMath::VecStatMemoizeParams::ValidatePod::UsageReadonlySet::IntSpanRegexp::Common 安装了以上包,然后运行发现提示还缺包,同样方法安装了。

3.下载解压circos

http://circos.ca/software/download/circos/

然后用7-zip等软件解压到一个目录,如D:\circos\

还可以加入系统环境变量(我的电脑–属性–高级系统设置–环境变量–PATH–添加上路径)

4.使用示例测试运行

D:cd Mz\circos-0.69-6\examplecircos etc\-conf circos.conf

cat a.txt | tr -d "^M" > b.txt

#linux下 win换行符转换,后面报错以为是这个原因,不是的。

**5.测试画个最简单的圈**

使用生信媛的最小配置文件报错,没找到解决方法,在circos官网上找到了一个circos.conf,成功解决。

(但是和作者的图不一样,由于不了解相关参数,详细分析哪里的问题,原来是文章中配置文件中少了个空格,路径错误,也是醉了。因为下面要继续学习作者的相关内容,于是继续使用作者的配置。)


http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/hello_world/

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

<image>

<<include etc/image.conf>>

</image>

karyotype = karyotype.txt

chromosomes_units = 100000

chromosomes_display_default = yes

<ideogram>

<spacing>

default = 0.005r

</spacing>

radius = 0.80r

thickness = 6p

fill = yes

fill_color = deepskyblue

stroke_color = black

stroke_thickness = 1p

show_label = yes

label_font = light

label_radius = 1r + 110p

label_size = 30

label_parallel = yes

</ideogram>

<<include etc/housekeeping.conf>>



人家的图片是这样的,我的图片是这样的:要哭了,我表示是作者没有给我完整测试数据好不好!有时间用自己的数据跑一遍!





https://blog.sciencenet.cn/blog-623545-1080165.html

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