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Ubuntu下源码编译安装GMT

已有 981 次阅读 2018-11-6 01:12 |个人分类:读博那点事儿|系统分类:科研笔记| GMT6

Win10+Ubuntu+GMT

Win10+Ubuntu+GMT

GMT安装方法有好几种:(1)从官方发布的二进制文件安装;(2)在Mac, Linux系统下有自动安装命令;(3)从源码编译安装。第三种方法有利于体验最新版(开发版)的新功能,因为官方发布的稳定版本往往会比开发版晚很多!方便进行同步更新;有利于二次开发,加入自己的功能或者做一定的修改!

注意:如果你是Linux 0基础,读起来可能有点费劲。作者时间有限,只列出了每一步的命令代码,并没有详细讲解为什么要用这些命令!对于Linux基础知识,请自行Google学习一下

根据gmt官方说明首先安装所需的库

编译工具

编译工具包括gcc, g++, gfortran, make, cmake。首先在终端查看诸工具是否已经安装:比如gcc --version,如果没有安装或者不够新,可使用自动安装命令安装之,比如: sudo apt-get install g++

但是CMake貌似不能用apt-get安装,下面给出从源码安装最新版cmake的方法

cmake

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf cmake-3.13.0-rc1.tar.gz

  3. 配置:make build, cd build, ../configure --prefix=/usr/local

  4. make

  5. make install

安装GMT依赖库

netcdf

github仓库

netCDF依赖库

m4

安装 sudo apt-get install m4

HDF5

  1. 下载

  2. 解压:tar xvf hdf5-1.8.20.tar

  3. configure:mkdir build cd build ../configure --prefix=/usr/local

  4. make ... 等待 ....

  5. make install or sudo make install

curl

因为编译netcdf需要用到curl的源码,我喜欢从源码安装。如果后面make netcdf的时候出现错误,可以尝试将从apt-get安装的curl卸载掉:sudo apt-get autoremove curl

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf curl-7.61.1.tar.gz

  3. config: mkdir build cd build ../configure --prefix=/usr/local

  4. make: make

  5. install: make install

此时如果再不提示缺什么库的话,应该会顺利通过。如果缺什么库,编译过程中会提示缺什么,继续安装所缺库即可

安装netCDF

  1. 解压: tar -zxvf netcdf-4.6.1.tar.gz

  2. mkdir build mkdir bin

  3. cd build

  4. ../configure --prefix=/usr/local 或者其他的什么你想安装到的目录

  5. make ... 等待 ...

  6. make install

GDAL

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf gdal-2.3.2.tar.gz

  3. config: cd gdal-2.3.2 ../configure --prefix=/usr/local 注意:直接在主目录下面配置和make,不要创建build目录,不然会出现没有make目标的错误。

  4. make: make 此过程等待时间非常长....

  5. install: make install

PCRE

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf pcre-8.42.tar.gz

  3. config: mkdir build cd build ../configure --prefix=/usr/local

  4. make: make

  5. install: make install

出现了几个警告:libtool: warning: relinking 'libpcreposix.la', libtool: warning: relinking 'libpcrecpp.la'先不管

BLAS

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf blas-3.8.0.tgz

  3. 编译生成libblas.so:gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC

  4. 添加环境变量到~/.zshrc: export LIBPATH=/mnt/d/Research/gmt/library/BLAS-3.8.0/libblas.so:$LIBPATH

LAPACK

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf lapack-3.8.0.tar.gz

  3. 拷贝make.inc:cp make.inc.example make.inc

  4. 添加-fPICOPTSNOOPT

OPTS    = -O2 -frecursive fPICDRVOPTS = $(OPTS)NOOPT   = -O0 -frecursive fPIC
  1. 修改lib名称

BLASLIB = ../../librefblas.soLAPACKLIB = liblapack.so
  1. 修改SRC/makefile

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)    $(RANLIB) $@

改为

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)    $(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../librefblas.so
  1. 修改BLAS/SRC/Makefile

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)    $(RANLIB) $@

改为

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)    $(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,librefblas.so -o $@ $(ALLOBJ)

如果你没有g77编译器,请将第2步拷贝的make.inc文件中的两个g77更换为你的fortran编译器比如gfortran

  1. make

make blaslib
make lapacklib
  1. 添加环境变量: export LIBPATH=/mnt/d/Research/gmt/library/BLAS-3.8.0/libblas.so:/mnt/d/Research/gmt/library/lapack-3.8.0/liblapack.so:$LIBPATH

安装OpenMP库

sudo apt-get install libomp-dev

FFTW

  1. 下载

  2. 解压:tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz

  3. 配置:make build, cd build, ../configure --prefix=/usr/local

  4. make

  5. make install

Ghostscript

sudo apt-get update sudo apt-get install ghostscript

配置数据

下载

  1. GSHHG

  2. DCW-GMT

设置路径: 环境变量

  1. GSHHG_PATH

  2. DCW_PATH

编译gmt

mkdir buildcd buildcmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local -DCMAKE_BUILD_TYPE=RelWithDebInfo ..make -j

保持与官方仓库同步更新(针对二次开发者)

主要的命令列举如下

  • 查看目前的远程仓库地址:git remote -v

  • 添加官方仓库:git remote add upstream https://github.com/GenericMappingTools/gmt.git 其中upstream是官方仓库,orgin是你fock之后存在你自己的github账户里的仓库

  • 拉取官方仓库更新:git fetch upstream

  • 切换到自己的分支,比如master:git checkout master

  • 与官方更新合并:git merge upstream/master

  • 修改远程push仓库地址:git remote set-url origin xxxx.git

  • 删除远程仓库地址:git remote rm origin

如果发现在终端不能直接用gmt命令,每次在终端输入gmt会出现这个错误:fatal: Not a git repository (or any of the parent directories): .git,那是因为安装了git的插件的原因。一般这个是由于on my zsh引起的,gmt这个词被定义为了 alias g./home/zguo/.oh-my-zsh/plugins/git/git,定义的文件为:/home/zguo/.oh-my-zsh/plugins/git/git.plugin.zsh,找到这个文件打开之后把这一行注释掉,然后重新source一下或者重新打开一下终端就好了。 Mac系统下也是一样的操作!



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