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2012年生物医学十大突破之首ENCODE,还有很大争议,请关注。 精选

已有 10252 次阅读 2012-12-8 18:17 |个人分类:生物进化|系统分类:观点评述|关键词:的,是,presented,fashion,生物学

几个月前,国际上发表了人类基因组中大量非编码序列的生化活性,作者因此号称是发现了基因组中大部分序列都有生化功能。很多媒体,包括Nature、Science等都将此视彻底抛弃垃圾DNA概念的依据。

真得可以由此下结论人类基因组没有垃圾DNA吗?在前面的博客中,我对此表示出强烈怀疑“我越想越不对头。这个研究的结果没问题,但是结论下得过于草率,甚至可能是错误的。按照PLoS ONE审稿的标准“Conclusions are presented in an appropriate fashion and are supported by the data”,他们Nature那篇主文章是不合格的”。

应该说,这一研究(称为ENCODE项目)规模庞大,研究结果产生了海量的有价值分子生物学数据,可以视作2012年生物医学领域的头等大事,在9月28日的博文中,我曾预言它将荣登各大2012年各大研究成果排行榜。今天,看到了第一个排行榜,《时代》杂志评出2012年十大医学突破,此项目占据头把交椅(1)。等着看吧,年末公布的其他排行榜,也少不了这个ENCODE。

别的大项目,学习它的结论就好了。但ENCODE既影响巨大、但又存在巨大争议。这就很值得大家关注、并尽可能参与其中。ENCODE的巨大影响会带来对人类基因组的巨大误解。作为相关领域的科研人员,大家有必要参与讨论、澄清事实。即便是发表评论性文章没有原创成果、对自己的学术地位没有任何帮助,也应该积极参与。如果听之任之,建立在NECODE错误结论上的对人类基因组的巨大误解,会影响大家今后相关研究论文的投稿、甚至相关研究项目基金的申请。被他们误导的审稿人、评审人会认为你的想法不靠谱,你不懂最新的人类基因组研究进展。

目前,我已经看到了一篇对ENCODE结论的批评性文章,发表在Current Biology上。我们实验室也从另外一个角度对之进行了批评,目前论文正在审稿,等论文在线发表后,我会写博客介绍一下我们为什么觉得ENCODE项目的结论太不靠谱,这个领域应该朝着哪个方向走。

我的博文都只是说,从他们的结果得出他们的结论太不靠谱。但为什么不靠谱,我没有详细说。感兴趣的网友除了看看著名生物信息学家Sean R. EddyCurrent Biology上的论文外,也可以用“ENCODE junk DNA 80%”最为关键词,用google查一下。除了宗教分子的欢呼和对ENCODE的新闻报道之外,就是进化生物学家对ENCODE项目组的批评和ENCODE项目组的辩解了。

1、时代杂志网站原文链接:http://healthland.time.com/2012/12/04/top-10-health-lists/slide/junk-no-more/


http://blog.sciencenet.cn/blog-61772-640581.html

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