该方法来源于http://blog.sciencenet.cn/blog-3373966-1090039.html，感谢原文作者的无私分享！（原文作者若反对本人的转述，必立即删除！）

1.  打开ClustalW网站，采用Clustal算法进行序列比对，输入格式如下，点击Execute Multiple Alignment进行序列比对，如下

2. 比对完成后，会自动弹出结果页面，点击clustalw.aln下载该序列比对文件，该文件即包含了序列比对结果，download clustalw.aln文件.

3.打开ENDscript/ESPript网站对序列比对结果进行作图，点击选择文件上传得到的clustalw.aln文件，再点击页面顶部的SUBMIT按钮即可，注意在该页面的底部可以选择输出的文件类型以及图片格式，主要有.png和.TIF格式的图片，两种格式的图片都可以作为文章发表；

4. 完成后，会自动弹出结果页面，download pdf文档

5. Get the result, so excited!

Note (From 原文):

1. 通过ClustalW工具得到的序列比对文件不一定正确，毕竟只是人设计的软件，不能代替人，可以手动调整序列，使其匹配程度更高；

2. 很多情况下，大家会遇到点击Submit后，浏览器并没有弹出结果文件的页面，这时需要将ENDscript/ESPript 网站添加到可信任站点里面，或者白名单，以猎豹浏览器为例，打开浏览器的选项/设置，选择广告过滤，将http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi 添加到例外里面，并去掉浏览器的弹出广告拦截即可。

   
   

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