一种新的科学理论在建立之初都是通过指出之前理论中存在的不足或者矛盾之处，然后才逐渐发展起来的，比如广为人知的开尔文男爵的“两朵乌云”就是当时热力学和电磁学不能解释的黑体辐射和光速不变的问题，在这两朵乌云的启发下，出现了量子力学和狭义相对论。

在一种理论建立之后，人们可以根据理论框架和逻辑来预测新的现象，这就是检验理论正确与否的重要方法。一种纯粹解释已有现象而不能推出新现象的理论是毫无意义的。一种理论发展初期是这个理论最有生命力的时期，人们可以用这个理论去解释那些之前不能解释或者解释不够满意的现象，总可以得到一些新的结果，比如量子力学的黄金时期就是在量子化概念提出之后不久，薛定谔、狄拉克、费曼等一大批耳熟能详的量子物理学家就是在那个时代出现的。新的理论在这些人的努力之下逐渐完善起来，越来越多的人开始使用这些新的理论。

但是新的理论发展到一定程度，总是会出现一些之前预料不同的情况。比如地心说在提出之初可以用来计算太阳等轨道无疑是一种进步，但是随着时间的推移，计算一个星体的运行轨道甚至需要加上几十条辅助轨道才能得到一个稍微满意一点的结果，这就已经说明地心说存在一定的不足了。另外一个例子是电磁场理论在麦克斯韦之后取得了极大的成功，但是引入了一种叫着以太的奇怪介质用来作为光的传播介质，这种介质具有极大的刚性但是又不会影响地球等星体在其中自由穿行，即使这样也解释不了光速在所有方向一样的问题，这些问题的出现就意味着理论在某个方面出现了问题。

其实，这些新的理论发展到这种程度之后已经变成了老的理论，它们在处理某些问题上已经力不能及了，如果此时以科学的态度来对待这些不足，那么新的理论很快就会产生，人类的知识就会进步。但是，旧的理论是不甘心推出历史舞台的，尤其是旧的理论有其他用处时，比如地心说符合基督教的需求，在地心说面临挑战的时候，教会就用非科学的手段来压制新的理论的产生，比如被教会烧死的布鲁诺和被囚禁的伽利略，他们都认为太阳才是世界的中心，地球不是。虽然他们坚持的日心说并非完全正确，但是相对于地心说而言无疑是一种进步。这些非科学的因素会极大的影响科学地发展，有时甚至会让科学理论停滞不前长达数百年，但是用这种非科学的手段来影响理论的发展最终还是会被定在历史的耻辱柱上，在人类发展到灭绝之前，人类是在不断进步的。

科学和理论在没有其它因素影响的情况下发展是最快的，尽管发展过程中会遇到这样那样的问题，争论会让正确的理论胜出发展然后被更加正确的理论所取代，如果其他因素妄图来确定哪个理论是正统，跟正统理论不合的理论都是错的，这样的结果在短时间看起来是使得正统理论强大起来了，但是这只是表面上的强大，这种方式已经剥夺了理论自己发展成熟的手段。就如中国文化在诸子百家辉煌灿烂，儒家学说只是其中的一种学说而已，在与其他学说的争论之中会变得更加完善；但是当儒家学说成为正统之后，统治者用行政的手段来主导儒家学说，其发展就停滞了，变成了一种毫无生机的寻找故纸堆的游戏。

随着人类社会的发展，利用其他手段来控制科学理论的更替和发展的行为越来越少了，但是在社会领域这种通过其他手段来控制理论的发展和更替的行为却屡见不鲜，这种行为的最终结果并不会使得这种理论强大，只会使得其变得弱小无比和与时代格格不入。