永久关闭防火墙： rocks run host n "chkconfig iptables off"

增加环境变量： 全局变量 加入到 /etc/profile

                当前用户变量加入到 ~/.bashrc

3. 设置系统时间

设置系统时间

date -s 20071215

                  date -s 15:35     

如果要同时更改BIOS时间
在执行    clock -w

所有节点安装完成后：

2. Ssh 其他节点时：

Warning: untrusted X11 forwarding setup failed: xauth key data not generated

         Warning: No xauth data; using fake authentication data for X11 forwarding.

        修改 /etc/ssh/ssh_config 文件，在最后加入 ForwardX11Trusted yes （加入各个节点，并将 头结点的密  scp cghpc:/root/.ssh/*  /root/.ssh/       拷过来） 然后退出

      执行 rocks sync config     

4.节点重新安装

如果集群中的节点机需要重新安装，可以在这个节点机上运行：

　　/boot/kickstart/cluster-kickstart

　　来重装系统。或者可以在Frontend节点机上运行：

　　rocks run host '/boot/kickstart/cluster-kickstart'

来重新安装所有的compute节点机。

如果想重装集群中所有的compute节点机，并在重装完以后让这些节点机继续执行由于重装而中断的计算任务，可以通过SGE控制来实现，运行：

/opt/gridengine/examples/jobs/sge-reinstall.sh

5. How do I remove a compute node from the cluster?

On your frontend end, execute:

# rocks remove host "[your compute node name]"

For example, if the compute node’s name is compute-0-1, you’d execute

# rocks remove host compute-0-1

# rocks sync config

The compute node has been removed from the cluster.

6. How do I export a new directory from the frontend to all the compute nodes that is accessible under /home?

Execute this procedure:

• Add the directory you want to export to the file /etc/exports.

For example, if you want to export the directory /export/disk1, add the following to /etc/exports:

/export/disk1 10.0.0.0/255.0.0.0(rw)

• Restart NFS:

# /etc/rc.d/init.d/nfs restart

• Add an entry to /etc/auto.home.

For example, say you want /export/disk1 on the frontend machine (named frontend-0) to be mounted as

/home/scratch on each compute node.

Add the following entry to /etc/auto.home:

scratch frontend-0:/export/disk1

• Inform 411 of the change:

          make -C /var/411

Now when you login to any compute node and change your directory to /home/scratch, it will be automounted.

7. 注意：在每次运行完rocks的一些命令修改了数据库配置信息后，比如删除compute节点机，都要再运行：　　rocks sync config

来将更新后的数据库信息写入到节点机的系统配置文件中，否则在运行其他管理命令时会遇到一些莫名的错误。

VASP 任务提交

1） （周健）名称： vasp.sh

#!/bin/bash

#

#$ -cwd

#$ -j y

#$ -S /bin/bash

mpirun -r ssh -f $TMPDIR/machines -n $NSLOTS /home/software/vasp/vasp

蓝色部分每个作业脚本必写。

Entries which start with #$ will be treated as SGE options.

• -cwd  means to execute the job for the current working directory.

• -j y means to merge the standard error stream into the standard output stream instead of having two separate error and output streams.

• -S /bin/bash specifies the interpreting shell for this job to be the Bash shell.

     -np $NSLOTS 表明使用多少个处理器核心进行计算，后面跟着计算软件路径。

提交时： qsub -pe mpich 4 vasp.sh

2）

#!/bin/bash

#

#$ -cwd

#$ -j y

#$ -S /bin/bash

#$ -pe mpich 16

（可加 expor=$PATH:路径）

mpirun -r ssh -f $TMPDIR/machines -n $NSLOTS /home/software/vasp/vasp

（MPI_DIR=/opt/mpich/gnu

$MPI_DIR/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMP/machines  ./cpi

）

蓝色部分每个作业脚本必写。

#$ -pe mpich 16   指定脚本的并行环境为mpich，同时申请了16个处理器核心来进行运算。其它

根据各个应用程序不同做相应更改。

提交时： qsub  vasp.sh （或 ./vasp.sh)

4）执行 qstat 查看作业执行状态

 说明，作业执行状态 qw 作业处于等待状态，r 运行状态。Slots 显示的是当前作业时

几个处理器核心在运算。

三．软件安装

修改组名： group -n  新组名 旧组名

修改用户属组： usermod -g  组名 用户名

               Usermod  -l  新用户名 旧用户名

             Usermod  -d    登录目录  用户名

             Userdel   -r   用户名

          Groupadd  cluster

1. 添加用户

 （当不存在 cluster组时）

 Adduser  -g root   mu

Adduser  -g root  soft

  Passwd mu

            Rocks sync users

            make -C /var/411/   force

         Rocks sync config

    默认情况下，新建用户mu建立/export/home/mu目录，此目录是被其他计算节点共享的，对应/home/mu (包括头节点，软件可装在/export/home/mu/soft/下）。

2)  Root下建立用户 softe   useradd soft

3) Root下删除其密码  passwd  -d  soft

   Chmod a+rwx /export/home/soft

 同步账户  rocks sync users

 发布密码的信息  make -C /var/411 force

2) 使用XFTP 将程序考到soft 下

 使用root用户copy /export/home/soft/src 下

然后更改属主 chown -v soft:soft 文件名或目录

                    （用户名:用户组）

3)  rocks run host compute-0-0 command="hostname"

          rocks run host n  "reboot"

Run the command ’ls /tmp/’ on all n nodes.