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写在前面
在上一次,我们说了miRNA与人类疾病相关的数据库(miRNA与人类疾病)。细心的读者可能会问,它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢?那么,这次就说一下miRNA靶基因与人类疾病吧。
01
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miRNA靶基因
miRNA的靶基因有很多,例如mRNA、lncRNA、circRNA和pseudogene等,都可能成为其靶基因。通常情况下,如果没有特别说明,miRNA靶基因一般指编码基因mRNA。相应地,本次所说的miRNA靶基因与人类疾病,其实就是编码基因mRNA与人类疾病。
02
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基因-疾病关系数据库
当前,基因-疾病关系数据库主要分为实验验证型和综合型两大类。下面是汇总的一些常用miRNA-疾病关系数据库(见图1),大部分都是实验验证型数据库。如果想尽可能全面的获取基因-疾病关系数据,可以整合多个数据库使用。
图1 基因-疾病关系数据库一览
后话
基因-疾病关系研究是了解基因表型的重要突破口。目前,基因-疾病关系大都指的是编码基因与疾病的关系。毕竟,研究编码基因的历史要比非编码基因要长。如果你不仅仅关注基因与疾病之间的关系,还要关心基因的功能,那么可以使用GenBank(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)和GeneCards(https://www.genecards.org/)数据库来搜索。如果使用这些数据库,记得引用相关参考文献哦!
参考文献:
[1] Amberger JS, Bocchini CA, Schiettecatte F, Scott AF, Hamosh A. OMIM.org: Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®), an online catalog of human genes and genetic disorders. Nucleic Acids Res. 2015;43(Database issue):D789-D798. doi:10.1093/nar/gku1205
[2] Tate JG, Bamford S, Jubb HC, et al. COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D941-D947. doi:10.1093/nar/gky1015
[3] Repana D, Nulsen J, Dressler L, et al. The Network of Cancer Genes (NCG): a comprehensive catalogue of known and candidate cancer genes from cancer sequencing screens. Genome Biol. 2019;20(1):1. Published 2019 Jan 3. doi:10.1186/s13059-018-1612-0
[4] Lever J, Zhao EY, Grewal J, Jones MR, Jones SJM. CancerMine: a literature-mined resource for drivers, oncogenes and tumor suppressors in cancer. Nat Methods. 2019;16(6):505-507. doi:10.1038/s41592-019-0422-y
[5] Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, et al. Comparative Toxicogenomics Database (CTD): update 2021. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D1138-D1143. doi:10.1093/nar/gkaa891
更多背景知识如下:
1. miRNA是何方神圣?
11. miRNA靶基因识别
12. miRNA靶基因识别:下一步
14. miRNA靶基因之预测型数据库
15. miRNA靶基因之综合型数据库
16. miRNA靶基因之miRLAB
18. miRNA与TF互为调控
19. miRNA与人类疾病
号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。
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