TreeGraph使用技巧

by keifei 2017-1-26 凌晨

前言：

把一个软件使用熟练，使其发挥大功能满足自己所需，这就需要多多尝试，逐渐积累经验。

记性差，一段时间没有使用该软件，再次要实现某一功能时，脑子里只有了一点点模糊的印象，结果又费了你，又把原来走的弯路重走了一遍。

将一些使用经验记录下来，好让自己以后记不得时可以来复习复习。

若也他人使用这一软件，也希望拙笔记可以让你少走些弯路。

看与编辑系统发育树的软件很多，我使用过的有MEGA、FigTree与这里要详谈的TreeGraph。

个人觉得MEGA适用于小树（不超过一页纸的树，一般不超过100个taxa）。它的一大绝技是可以拷贝到PPT上进行编辑。缺点是taxa不能按某一规则排序，几乎要手动地一个节点一个节点调整次序。另外在树上添加与编辑注释性信息比较费劲。

FigTree功能比较齐全，使用起来也还蛮方便。不过我觉得TreeGraph更好用，这也就是这几日被逼出来摸索所得。之前只是把这个软件当做看图与导出自己看的图的一个小工具而已，还嫌弃它自动导出的pdf图难看，不仅显示出来的线条粗细不等、树的二叉分支折线还多余地带个圆角，而且更要民的是导出的pdf是图片形式，不能再编辑。

最近要编辑很多树图用于文章中，首先自然尝试使用MEGA，但动辄几百个物种的树，光在MEGA里调整顺序就费老劲了。Mac版本的MEGA还不能将树图拷贝到PPT里，得转到windows电脑里弄。终于弄到PPT里了，几百个物种、几百个支持率，得把PPT超级放大，稍一动就到下一张PPT了。。。。总之，太费劲了。

回到TreeGraph：

首先发现TreeGraph导出的pdf并不是完全不能编辑，用acobat打开后使用编辑图像与文字是可以进行编辑的，不过在一般模式下还是不能直接选中、复制其中的文字，而若要在Adobe Illustator里继续编辑pdf也几乎不可能，因为文字都被“分解”为一个个点了。

（摸索过程省略）

我的编辑大树详细参数：

1. 批量选择竖线，也选中了taxa names，按F5快捷键编辑

设置线：粗1.298pt，corner由1改为0（改弧角为直角）

设置字体：斜体、8pt（输出到pdf显示为6pt，100%打印出来还可以看清）

尤其是设置leaf margin的上、下宽度，这实际上是调节相邻两个taxa之间的距离。我在此设置了-1.5 pt，效果是taxa names相互之间几乎是紧贴的，这样一页就可以显示尽量多的行。

在设置Branch formats: minimal length仍使用系统默认的6 pt，选中下面的constant line。

每次设置都可以按applicate看效果。

2、再设置横线：线的粗度同上，branch formats中要将minimal length改为6 pt （与竖线一样），也选中constant line，上下的空间为0（不改系统默认值）。

3、再设置支持率：字体改为4 pt（尽量小），避免taxa上下距离不均等，label margin都改为0.

4、添加taxa group信息：选中顶上1个，按住command键，再选中底部的1个，再按commd+L（小写即可）快捷键。

5、导出为svg格式，注意不是pdf格式。

7、AI打开svg文件，自由编辑。

缺点：枝长不能正常显示，每次要显示枝长总是报错。有待再摸索解决。

该软件另一强大功能：在一棵树上显示多种支持率。比如你用三个基因建树，你想在一棵树上显示各自单基因以及三个基因联合在一起的支持率，可以用File---Add support values这一功能实现：

Tip 1：标准的参考树首先导入。后面新导入的树，支持率默认在第2位。但若之前导入某个树在某一节点有冲突，那么显示的是用括号括起来的支持率。

Tip 2：导入新树时，给新树上的支持率新起一个标签名，比如gene2，其他设置不用管。软件默认将支持率都label为support，若不更改，则无法导入新额支持率。最好在第一个打开的树时，批量选中支持率，用右键change label ID，将默认的support名字更改为你便于识别的名字。我也因为忘了这个小tip，这次又折腾了一番。

这样就在几分钟内就统计了11棵树在各节点的支持率，是不是很强大？

Tip 3：各支持率可以在倒进去后，在树上调整顺序。默认是后加的支持率总是排在第2位。若要调位置，先批量选中支持率：select labels with this ID，然后按F5，修改line postion的值（甚至可以改为负值放在最前面）。

先记到此。

p.s. 小搜了一下，中文网里还没有介绍TreeGraph的使用技巧。