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结构预测问题再收集

已有 4133 次阅读 2015-3-11 16:50 |个人分类:结构预测|系统分类:科研笔记

关注:

1) 为提高结构搜索的效率及成功概率,哪些关键参数需尽可能准确设置

2) 使用过程中遇到的问题及解决策略




摘录:

叶 2:08:01 PM
    CALYPSO4.0  程序预测和优化一切正常(优化过程中保留了OUTCAR_*),但pso_sor_*文件中没有焓值,请问是怎么回事?


王2:11:29 PM
文件是空的吗?


叶 2:12:36 PM
不是空的,OUTCAR正常优化了哈


王 2:12:52 PM
文件里什么内容


叶 2:14:55 PM
这是手动提取的焓值:
压力  体积 能量  OUTCAR_*
0.09    82.07    -18.23328041   OUTCAR_62
0.11    72.88    -16.76458672   OUTCAR_20
0.15    116.14    -25.91471775   OUTCAR_42
0.15    134.12    -30.72169013   OUTCAR_52
0.17    112.53    -25.79816780   OUTCAR_38
0.17    68.66    -18.24874537   OUTCAR_26
0.19    117.67    -23.66091375   OUTCAR_40
0.22    140.92    -28.54269814   OUTCAR_32
0.41    111.08    -26.45216629   OUTCAR_16
0.69    88.98    -12.94127388   OUTCAR_48


叶 2:15:14 PM
进行的是常压预测和优化计算


叶 2:18:14 PM
有点诡异。难道是焓值的源程序有问题?这是从getenth.py程序中摘录的部分内容

def enthalpy(caldir):
   if pressure(caldir):
       e = outEnergy(caldir)
   else:
       e = 610612509
   # h = hardness()
   return e


王2:20:44 PM
常压PSTRESS=0


王2:20:55 PM
INCAR是这么设置的吗?


叶2:21:57 PM
grep PST INCAR_*
INCAR_1:PSTRESS = 0.0
INCAR_2:PSTRESS = 0.0
INCAR_3:PSTRESS = 0.0


王 2:22:20 PM
你把PSTRESS=0.00001


王 2:22:32 PM
就可以了



叶 2:23:08 PM
啊,为什么


王 2:23:30 PM

程序实际提取的是enthalpy


叶 2:23:45 PM
这个小细节很难注意到哈


王2:23:54 PM
但当把PSTESS=0的时候没有enthalpy,只有能量


王2:24:30 PM
当把这个设的很小的时候也不会有什么影响



嗯,我试试,能改动这个程序,避免出现这种情况吗?
def enthalpy(caldir):
   if pressure(caldir):
       e = outEnergy(caldir)
   else:
       e = 610612509
   # h = hardness()
   return e


叶 2:28:23 PM
4.0版CALYPSO是不是不需要编译哈


叶 2:28:33 PM
我直接用的下载的可执行文件


王2:32:00 PM
是的






探索铈在沉积过程中可能存在的相变规律;



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