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计算结果的图形化处理-从p4vasp谈起

已有 28593 次阅读 2013-10-25 05:59 |个人分类:关注的问题|系统分类:科研笔记

关注:

1) Bader电荷的计算流程及图形化处理;

2) COOP及COHP的计算流程及图形化处理;

3) ELF的计算流程及图形化处理


题记: 工具始终是工具;但要用时,知道去哪里找到合适工具,知道工具怎么用。工具也有与时俱进,这样才可以事半功倍。


http://www.p4vasp.at/index.php/documentation/4-exploring-density-of-states-dos-and-band-structure



网络问答:P4VASP

不知道,不会用gnuplot, 用P4VASP最好的后续处理工具就是xmgrace,用P4VASP输出.agr文件,修改起来非常方便,就是xmgrace不好学。有兴趣的话到P4VASP的论坛上看看吧。


QQQ:::

首先是DOS BAND的计算过程,我就不说了这个网上绝对有一大堆。
所有的计算完之后,就该用到P4VASP这个软件了
(1)把你服务器上的计算结果传到本地电脑上面(这里的计算结果指的是你算能带、态密度的最后一步结果,注意要把整个计算文件夹传过来)
(2)运行p4vasp.bat文件,然后点file | load system ,选择你刚才传过来的那个文件夹,然后选中里面的.xml文件
(3)选择菜单栏里面的Electronic | DOS + BANDS 你就可以看到态密度和能带了,里面还有很多其他功能,比如说结构(structure),STM,收敛状况等等,这个需要自己摸索。我想摸索一个新软件的用法对于学计算化学的同学应该不是很难。
(4)最后就是怎么到处结果了,在DOS图左上角有个graph,点这个选择export| 导出你需要的格式。一般我不会直接用它生成的图,我都是导成data格式,然后再origin或其他专业画图软件中画图。
就这么多吧,祝各位好运!




QQQQ:::

能带的计算需要首先确定对称性,再把高对称性的点的能级连接起来形成路径(PATH)。
能带计算分为两步:
(1)首先确定素晶胞,确定对称性,进行高精度单点计算,
(2)确定能带的路径,进行非自洽场计算,得到沿能带路径的能级,
(3)绘出能级的连线图即为能带图。
如果计算有困难,参见在线VASP工具箱,http://www.scicloud.co/model/vasp
使用ACONVASP确定计算路径。



网络问答2:VASP分隔DOS的工具

http://emuch.net/html/201301/5393208.html

各位虫友:
想请教大家我们在计算完DOS后,采用split_dos和vp脚本可以分离TDOS得到DOS0,DOS1,DOS2,DOS3,。。。。DOS108等。其中DOS0为体系的总态密度,而DOS1到DOS108分别为体系108个原子的PDOS。
问题:假如我想得到体系(GaN体系)的所有Ga原子的总态密度,还有所有Ga的p态DOS的和,同理对N也是如此,我该如何进行操作啊,是否有专门的脚本,因为我采用笨方法(每个原子的文件打开然后在Excel里面求和)实在让人烦恼,并且又不知道一定加对了,因为太多。最好能像Catesp那里就好了,想看哪个就看哪个?谢谢各位朋友!!!

QQ:::::

使用p4vasp作图后可以导出某类原子的某个轨道的数据,或者自己写个程序读取DOS也可以。

QQ:::

google一下vtst,有各种你想用的程序


网络问答1:怎么根据PROCAR作DOS和PDOS图

http://emuch.net/html/200811/1075049.html

大家好,计算DOS时得到PROCAR,准备学习画DOS和PDOS,共126个K点,每个K点100 bands,用lev00处理时提示缺少PROCAR或PROCAR错误,用p4vasp也打不开,请帮我看看,谢谢
PROCAR new format
# of k-points:  126         # of bands: 100         # of ions:  24
k-point    1 :    0.04166667 0.04166667 0.04166667     weight = 0.00462963
band   1 # energy  -29.57997136 # occ.  2.00000000

ion      s      p      d      f    tot
 1  0.233  0.000  0.000  0.000  0.233
 2  0.233  0.000  0.000  0.000  0.233
 3  0.233  0.000  0.000  0.000  0.233
 4  0.233  0.000  0.000  0.000  0.233
 5  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
 6  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
 7  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
 8  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
 9  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
10  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
11  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
12  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
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19  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
20  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
21  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
22  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
23  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
24  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
tot  0.937  0.001  0.000  0.000  0.938
这是其中一部分,下面还有band2-100,接着就是k-points2-126,很长的文件
不知道大家都怎么处理DOS?学习VASP时间不长,还希望虫友们指点


   Q:::::我使用DOSCAR处理的,应该和PROCAR是一起出来的结果,里面很多列数据,第一列是能量,后面对应s, p_y, p_z, p_x, d_xy, d_yz, d_z2, d_xz, d_x2-y2轨道(VASP出来的结果应该顺序都是一样的)。数据上下顺序对应POSCAR里面的原子顺序
lev00是处理电荷密度的,p4vasp我只用来打开过POSCAR,没试过PROCAR,可能不支持这种类型吧~

 Q:::: 网上不是用vasp的一些tools吗,里面就有一个分析PROCAR的文件,文件名是dos-procar.f,你现将这个文件编译一下,然后就运行这个文件,他会提示你要干什么,运行完后,就可以得到totdos。dat 和ldos。dat,接着用origin等画图就可以了。




附 周期表中各元素基态性质的计算

http://emuch.net/html/201204/4380435.html

附-网络转载2:

http://emuch.net/taotie/16083.html

第一性原理计算辅助工具


附-网络转载1:

http://www.kaixin001.com/repaste/34386572_794035200.htm



*3.VASP的数据处理软件
(1)P4VASP(http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site):
强烈推荐。功能很完善,前些天推出了Win版,但是我安装后老出错,
最好是装在Linux下。对于向我这样对Linux一窍不通的朋友,最好
装SUSE Linux,这样可以省去很多相关软件包的安装:)
(2)VASP Data Viewer(vaspview.sourceforge.net):
ELFCAR的可视化软件,但是不够专业。有win版,块头很小。
(3)OPENDX(www.opendx.org):
可以画出很漂亮的charge density pictures。比(2)强多了可惜
我一直不会用:( 哪位能教教我?3X!
(4)VENUS(homepage.mac.com/fujioizumi/visualization/VENUS.html):
3D Visualization System VENUS。这个比较容易上手,不仅支持VASP,
还支持Gaussian, GAMESS, SCAT, WIEN2k,ABINIT。有win版本。
(5)AtomEye(164.107.79.177/Archive/Graphics/A/):
也是很有用的工具。也对GAUSSIAN支持。呵呵,但是我还没怎么用过。
有win版本。
*4.VASP的tips和其它相关的小程序
http://www.fyslab.hut.fi/~job/
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.php
http://cms.mpi.univie.ac.at/mgajdos/programming/programming.php
http://cst-www.nrl.navy.mil/~erwin/vasptips/
呵呵,google能搜出一堆~~~
*5.相关论坛及网站
(0)VASP官方网站:http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/
(1)P4VASP: http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/
里面有个非官方的VASP论坛。
(2)大话西游:http://wforum.zixia.net/board.php?name=Gaussian
有很多的关于VASP的讨论。很有价值。
(3)量子化学网(www.quantumchemistry.net)
新开的一个网站,也有不少VASP的东东
(4)http://storage.bsc.ustc.edu.cn/LeoBBS/cgi-bin/
呵呵,本论坛不也能找到很多好东东么?



https://blog.sciencenet.cn/blog-567091-735866.html

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