1.下载

从SRA数据库下载数据

lftp ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX022/SRX022679/SRR058971> get SRR058971.sra

2.转换格式（SRA->FASTAQ）

./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/data/GEO/SRA/SRR058977.sra

3.去接头（此步要注意是否有接头，一般RNA-SEQ数据应该是没有接头的）

4.用tophat寻找可变剪切

tophat -r 42 -G genome.fa -o PF genomeIndex SRR058977.fastq

5.用cufflinks找不同组织中的差异

cuffdiff genomeAnnotation.gff   ../BF/accept.bam ./accept.bam