zhlingl的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhlingl

博文

SRA数据分析流程

已有 13223 次阅读 2012-10-25 21:07 |个人分类:工具|系统分类:科研笔记|关键词:测序,格式| 测序, 格式

1.下载

从SRA数据库下载数据

lftp ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX022/SRX022679/SRR058971> get SRR058971.sra

2.转换格式(SRA->FASTAQ)

./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/data/GEO/SRA/SRR058977.sra

3.去接头(此步要注意是否有接头,一般RNA-SEQ数据应该是没有接头的)

4.用tophat寻找可变剪切

tophat -r 42 -G genome.fa -o PF genomeIndex SRR058977.fastq

5.用cufflinks找不同组织中的差异

cuffdiff genomeAnnotation.gff   ../BF/accept.bam ./accept.bam



http://blog.sciencenet.cn/blog-565558-626137.html

上一篇:如何绘制基因组图
下一篇:ucsc资源

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-7-19 00:13

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部