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2016-03-31 22:45:21 整理: 祝小华; 补注: 李继存
体系:油水+表活剂体系,如下图:
目标:计算表活剂头基C原子附近水分子的SDF,类似于下图:
计算步骤:
第一:使用GROMACS生成grid.cube文件使用gmx make_ndx创建两个组, 一个包含中心分子, 一个包含要统计SDF的原子
我试过两种方案,一种是以一个表活剂作为中心分子建一个group,以中心分子头基附近的水建一个group,用这两个group计算SDF;另一种是以所有表活剂作为中心分子建一个group,以体系中所有水建一个group,用这两个group计算SDF。最后结果都差不多。
最终选中心分子为COO, SDF的原子为体系中所有的水
使中心分子在盒子内居中, 同时所有其他分子处于盒子内
Select group for centering时选择中心分子组, Select group for output时选择System组
按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动
Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组
统计分布
Select group to generate SDF时选择要统计SDF的组, Select group to output coords (e.g. solute)时选择中心分子组
注意: 使用gmx spatial计算空间分布函数时, 在模拟过程中要尽量多输出些轨迹(约5000帧,根据结果可自行调节输出的帧数), 这样得到的SDF才可能光滑.
第二:使用VMD载入grid.cube文件, 以等值面模式查看结果步骤来源: VMD画cube文件等密度面图(轨道或电子密度等)
new molecule打开文件。
选择Graphics下的representations.
在弹出的对话框中,Drawing method选cpk,使画出的分子更漂亮。图(以所有表活剂作为中心分子建一个group,以体系中所有水建一个group的结果)如下:
点Create Rep,新建一个Representation.
选新建的Representation后,Drawing method选isosurface. 先画正的部分,即在isovalue中输入一个正的值如0.02。在Coloring method中选择ColorID,为这个面指定颜色。图(表活剂包裹在里面)如下:
【李继存 注】等值面的具体数值要根据自己的计算结果确定, 选择一个有代表性且较光滑的等值面即可. 由于示例数据尚未收敛, 所以结果看起来并不好.
点Create Rep,再新建一个Representation.
选新建的Representation后,Drawing method选isosurface. 再画负的部分,即在isovalue中输入一个负值如-0.02。在Coloring method中选择ColorID,为这个面指定颜色。如下图所示:
【李继存 注】对SDF, 由于不会出负值, 所以此步骤可忽略.
在Graphics中选择Colors, 在Catagories中选displays,Name中选择backgroud,指定背景的颜色。也可在display菜单下的backgroud指定背景为梯度颜色。
选择喜爱的方法render.
将grid.cube文件转化成grid.plt文件
操作: 菜单栏run | {gCube2plt/g94cub2pl (cube)}, 浏览输入文件grid.cube, 指定输出文件, 命名为grid.plt. 然后点击最下面的Apply. 这样就转化成plt格式的文件了, 与此同时还生成了一个grid.crd文件, 这个crd文件作为结构文件.
读入上一步的grid.crd文件: File | Import | Coords
选择Plot|Contour, 然后import, 最后根据需要调节contour levels value及颜色, 并且可通过detail调节曲面的光滑度.
最终结果
◆本文地址: http://jerkwin.github.io/2016/03/31/使用GROMACS和VMD绘制空间分布函数SDF的步骤/, 转载请注明◆
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