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2019年冠状病毒(2019-nCoV)的起源 精选

已有 13446 次阅读 2020-1-25 23:04 |系统分类:论文交流| 2019年冠状病毒, 2019-nCoV, 武汉肺炎

 2019年冠状病毒的起源

 2019年新型冠状病毒的英文名是2019 novel coronavirus,简写2019-nCoV.


2019年冠状病毒就是今年导致武汉肺炎的罪魁祸首。那么这个病毒是怎么来的?

根据基因组序列分析,其与2018年报道的两株蝙蝠携带的冠状病毒(SARS-like)最相似,如下图,红色序列是2019年冠状病毒序列,与两个蝙蝠寄主病毒序列聚集在一起

根据进化树,2019年冠状病毒与两株蝙蝠些的冠状病毒聚集在一起,可以认为是2019年冠状病毒分支;2003的年SARS与其它蝙蝠携带的类似SARS病毒聚集在一起,是2003SARS分支。这两个分支应该是有共同祖先。所以从某种意义来讲,2019年冠状病毒是SARS-like 或者直接认为是类似SARS病毒。

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1 2019年冠状病毒与其它冠状病毒进化树,来自高福团队刚刚在NEJM发表论文。

 

所以从上述结果来看,现在发现与2019年冠状病毒最相似病毒序列是两株蝙蝠携带的病毒序列,所以当前认为2019年冠状病毒最接近的祖先就是这两株病毒序列。说明2019年冠状病毒最早起源是来自蝙蝠。但是我们一般知道蝙蝠病毒不会直接传播给人类。就像禽流感只会通过猪传播给人类,因为鸟类的身上流感病毒不能与人的受体结合而感染人类,因为人类与鸟类的这个受体差别太远,只有能感染猪了,才能感染人类,因为人类与猪的这个受体相似。

类似的,2019年冠状病毒要从蝙蝠感染某种哺乳动物,然后才能传播给人类。如下图,2003SARS的中间寄主是果子狸,MERS是骆驼。

 wps2.jpg

图2 不同感染人的冠状病毒传播方式,来自Origin and evolution of pathogenic coronaviruses

,这些冠状病毒最开始寄主主要是蝙蝠和老鼠,中间寄主有果子狸(2003SARS , SARS-CoV),猪,骆驼,羊和牛。

 

接下来就想知道,2019年冠状病毒与SARSMERS有多像,有没有重组,以及与其最像似病毒序列到底有多像。我用了2019年冠状病毒与SARSMERS和上面提到的与2019年冠状病毒最相似得两株蝙蝠寄主进行比较,如下图,确实与其最近的蝙蝠病毒序列很相似,特别是前面一部分,也就是114000个核苷酸位置几乎是相似90%以上(绿色曲线),但是后面就是与SARS差不多(绿色和黄色曲线)。说明2019年冠状病毒的1400030000位置是来自那种病毒还不清楚。同时说明2019年冠状病毒可能是由不同冠状病毒的不同基因重组而来的。

武汉病毒所报道了一株蝙蝠病毒整条序列与2019年冠状病毒相似度在95%以上,说明这个蝙蝠病毒序列是2019年冠状病毒最近的祖先。

 

wps3.jpg 

3 2019年冠状病毒基因组序列搜索一株蝙蝠病毒序列(SARS-like,前面说的与2019-nCoV最相似蝙蝠病毒序列) ,SARS基因组序列,MERS基因组序列,曲线分别是绿色,黄色和粉红色。横坐标是基因组的位置,纵坐标是相似度,从下到上是0100%相似。

 

总结一下,2019年冠状病毒现在发现的最相似的祖先是蝙蝠身上的病毒,至于通过那种哺乳动物传播到人类还不知道,但是可以确定的是在华南海鲜市场贩卖的野生哺乳动物。




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