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非常快速而且能够处理成千上万条序列的建进化树软件FastTree
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之前推荐过但是当时自己没有用过，现在尝试了一下，发现确定非常快。拿我的问题来说，总共3000多条序列，序列长度为1700nt，我用Phylip中最快的的Neighbor-joining计算花了一个小时以上，而且是在我的主机，而用我装的虚拟机（内存500M，计算能力肯定不能主机）FastTree计算，只花了不到20分钟，而且更强悍的是它还给出了每个节点的可信度(local support value)，真神！
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该软件相当好用，有Linux版本的，也有WindowXP的。由于他们提供的Linux版本针对的是64位的机子，我这机子用不了，因此只在WindowXP上用。WindowXP版本的是一个可执行文件，但是需要进入命令行界面(在"运行"中输入“cmd”），然后进入该软件所在的目录。使用格式如下：
FastTree -nt <infile >outfile
如果是蛋白质序列，则直接输入：
FastTree infile > outfile
这里需要注意的是输入文件为fasta格式的文件，而不是通常用的Phylip格式。这点需要注意。
输出文件是Newick格式，也是非常通用的进化树文件格式。
FastTree非常强悍的一点是能够在那么短的时间内给出每个节点的可信度(local support value)，它用到的是SH检验（Shimodaira-Hasegawa test ），具体的我也不清楚。该值的范围为0到1，与一般用到的bootstrap值高度相关（SCC接近0.9）。他们的文章中指出，只有该值在0.9以及更大的时候才可以认为该分支比较可信。
感兴趣的朋友可以看FastTree的官网http://www.microbesonline.org/fasttree/。当你的序列数有几千条，上万条或者几十万条的时候，据我所知，FastTree应该是最好的选择。
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