以下是从网上收集的从perl中调用R的方法：

1 直接用system（）命令
比如有个test.R程序，可以通过下面的方式调用：
system("R <test.R --vanilla")

2 安装模块RSperl
该模块的具体介绍http://www.omegahat.org/RSPerl/
安装过程如下：
tar zxf RSPerl_0.9-0.tar.gz
R CMD INSTALL  --configure-args='--with-in-perl' RSPerl
cd RSPerl/src
make -f Makefile.perl install
 
设置环境变量：
$R_LIBS：设置需要的R的包的位置，默认是$R_HOME/library/。
$PERL5LIB：设置需要的perl包（R.pm，RReferences.pm，R.so）的位置。
RSPerl/scripts /目录里提供了两个设置环境变量的shell命令文件，可以直接使用：source RSPerl/scripts/RSPerl.csh

3 使用perl中的module Statistics::R
(转自http://cos.name/bbs/simple/index.php?t16122.html)

用Statistics::R ，既可适用于Win32平台，也可在Linux 中使用。
不过Win32平台安装模块要在cmd命令行中使用cpan进行安装，而ActivePerl的PPM找不到安装模块。
模块有一共有四个：Statistics::R  
                                  Statistics::R::Bridge
                                  Statistics::R::Bridge::Win32
                                  Statistics::R::Bridge::pipe  
不过好像先安装第二个，再安装第一个，后边2个好像会自动安装（我装的时候没注意，反正用cpan再装多一次也无防）

以下是一个在Win32平台的示例：输出一个矩阵及打印输出矩阵的行例数：
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;

my $R = Statistics::R->new() ;
$R->startR ;
$R->send(qq`A=rbind(c(76.0, 91.5, 85.5, 82.5, 79.0, 80.5, 74.5,79.0, 85.0, 76.5, 82.0, 95.0, 92.5), \n
c(50, 20, 20, 30, 30, 50, 60, 50, 40, 55,40, 40, 20), \n
c(120, 141, 124, 126, 117, 125, 123, 125,132, 123, 132, 155, 147)) \n`) ;
$R->send(qq`ncol=ncol(A);nrow=nrow(A) \n print(paste("矩阵A是",nrow,"行",ncol,"例矩阵",sep="")) `);
my $ret = $R->read;
print $ret,"\n";
$R->send(qq`print(A)`);
my $ret = $R->read;
print $ret;
$R->stopR();

#注：$R->read只能读取到R最后一次的输出信息，所以R每输出一次信息就需调用一次$R->read，然后将其结果用print在perl中打印输出
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
输出结果为：
[1] "矩阵A是3行13例矩阵"
    [,1]  [,2]  [,3]  [,4] [,5]  [,6]  [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,]   76  91.5  85.5  82.5   79  80.5  74.5   79   85  76.5    82    95  92.5
[2,]   50  20.0  20.0  30.0   30  50.0  60.0   50   40  55.0    40    40  20.0
[3,]  120 141.0 124.0 126.0  117 125.0 123.0  125  132 123.0   132   155 147.0

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
一般人希望用perl调用R的目的 应该不只是希望得到R的处理结果，而是希望perl能利用R内部的大量科学计算函数：
假如要将变量从perl传入R中进行计算（如将$a＝1传进R），或要将调用R函数计算出的唯一结果值传入perl再进行后续处理（如
将向量c(1,2,3,4,6)的均值加上$a的结果传入perl后利用perl再进行加2处理），可以如下写脚本：

#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;
my $a=1;
my $R = Statistics::R->new();
$R->startR;
$R->send(qq`x=c(1,2,3,4,6) \n y=mean(x) \n z=$a+y \n print(z)`) ;
my $ret = $R->read;
print $ret,"\n"; #输出R的处理结果
$R->stopR();
$ret=~s/\[\d\]\s+(\d+)/$1/g;
my $b=$ret+2;
print $b;#输出最终结果

个人感觉还是用system（）函数比较方便，其他两种都有点麻烦。

在Windows下使用System()命令，首先需要把R的安装路径（如C:/Program Files/R/R3.1.0/bin）添加到环境变量中，否则会出现无法识别R命令的问题

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