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《生物系统学与进化研究方法手册》电子书稿件编写指南

已有 1022 次阅读 2020-9-23 16:47 |个人分类:论文征集|系统分类:科研笔记

《生物系统学与进化研究方法手册》

电子书稿件编写指南

参考Bio-protocol投稿指南改写

https://bio-protocol.org/cn/Protocol_Preparation_Guidelines.aspx

通用指南

文章分类及要求

实验方案类文章

生信分析类文章

综述类文章

图、视频和表格

命名法

数值数据

参考文献

期刊论文

专著

文章模板

实验方案类文章

生信分析类文章

综述类文章

 

一. 通用指南

Bio-protocol鼓励作者以单个Word文件提交稿件的文本及图表内容。方案中包含的字数、图表和视频数量没有限制。图表应嵌在文本文件中影像文件需要以单独的文件形式提交。文稿需要包括以下内容:标题、作者信息、摘要、关键词、背景、材料与试剂、仪器设备、实验步骤、数据分析、实验备注、配方、致谢、竞争性利益声明、伦理学声明、参考文献。推荐使用的字体为Arial,字号10磅。尽量避免使用缩写词,如需使用请在首次出现时标注全称。点击此处查看Bio-protocol标准格式范例。

二. 文章分类及要求

实验方案类文章

       鼓励(但不要求)作者采用Bio-protocol标准格式。Bio-protocol编辑团队将帮助作者对稿件格式进行编辑审校,确保所有稿件均符合Bio-protocol的标准格式。在Bio-protocol上发表的实验方案类文章包含以下15个部分:

1.方案标题

      标题应体现实验方案目的,描述准确简洁,帮助读者通过标题即可判断该方案是否为其所感兴趣的实验方案。读者可能来自不同研究领域,因此在标题的选词上,要避免使用生僻的专业词汇。

2. 作者信息

     请提供每位作者详细的隶属单位信息 (部门/学院、研究机构/大学、城市、国家)

3. 摘要

    此部分,作者应简要总结该实验方案,并说明该实验方案的目的。也可以包含一句话来说明此试验方案与已有的实验方案相比的改进之处。

4. 关键词

    请提供5-8个关键词。关键词可以帮助读者通过google等搜素引擎简单方便地检索到该实验方案。

5. 背景

    此部分应当阐明改进实验方案的基本原理,并描述该实验方案在当前相关科学领域中所发挥的作用和意义。作者在此部分应当讨论总结已发表的相关实验方案,并概述改进本实验方案的目的及意义。

6. 材料和试剂

    将该实验方案的读者想象为刚入门的新手,因此,这部分应当提供重复此实验方案所需的所有材料和试剂。并且,作者需要具体说明产品的生产商及其目录号。此外,强烈建议作者提供重要试剂的储藏温度和保质期。

7. 仪器设备

    书写要求同材料和试剂。罗列的仪器需提供其生产商及相应的产品编号或型号。

8. 实验步骤

    为提高试验方案的重复性,鼓励作者按时间顺序逐步列出实验方案的所有步骤。对于实验的关键步骤,作者应提供详细的有助于研究者成功重复该实验的经验技巧。

在此部分,作者应提供:

关键步骤相关的图片和影像以帮助读者理解并提高实验方案重现性;

代表性数据示例以阐明得到的结果,我们鼓励作者提供原始数据。原始数据应是通过科学软件或工具(Excel, ImageJ)获得的图片。避免使用图像软件(Illustrator Photoshop)处理过的图片。

9. 数据分析

在此部分,作者应当提供数据处理和分析的方法,包括采用的统计检验、数据纳入或排除标准以及生物学重复次数等详情。如果发表研究原著的期刊中已经介绍了这些信息,作者应当在此部分中明确说明,并提供相应的引用的链接,以便于读者访问所提及的信息。在一些情况下,研究原著的访问会受到限制,作者应当向原著作者请求在Bio-protocol转载数值分析的许可。

10. 实验注释

除了步骤中本身包含的特定注释外(参见上文),亦鼓励作者提供与实验方案相关的一般注释,例如:

作者实验操作过程中,实验的可重复性和变异性的说明;

提高实验重复性的其他注释、技术诀窍及注意事项。

11. 配方

我们要求作者精确说明实验中使用的成分(例如,缓冲液或培养基)及实验条件,包括每种溶液的储存温度和保质期。注意,未完全遵循此部分中的小细节信息(例如,试剂批号或用水类型)常常会导致实验失败。如有任何材料须遵守材料转让协议,作者应在该章节备注说明。

12. 致谢

作者应致谢支持其工作的经费来源渠道。若实验方案摘自或改编自先前发表的文章,请在此致谢先前的研究工作。

13. 竞争性利益声明

责任作者应代表所有作者说明是否存在经济或非经济性竞争性利益。Bio-protocol中,从试剂/设备生产商或其他供应商处获得资金或免费产品即是一种典型的经济性竞争性利益。其他经济和非经济性竞争利益的例子参见PLOS

14. 伦理学声明

实验方案中以人或动物为研究对象的实验均需获得相关伦理委员会的许可,且作者须在稿件中声明。此外,以人为研究对象的实验需获得所研究对象的许可。

15. 参考文献 (格式见本文第七部分)

生信分析类文章

    常规部分要求与实验方案类文章类似。

    1.  论文题目

    2. 作者信息

    3. 摘要

    4. 关键词

    5. 背景

    6. 仪器设备

    7. 软件名称、版本信息及下载地址

    8. 实验步骤

    9. 小结与建议

   10. 致谢

   11. 竞争性利益声明

   12. 伦理学声明

   13. 参考文献

综述类文章

     常规部分要求与实验方案类文章类似。除了论文题目、作者信息、摘要、关键词、参考文献等必需部分以外,作者可以根据论文需要自行安排论文的结构。

    1.  题目

    2. 作者信息

    3. 摘要

    4. 关键词

    5. 背景

    6. 方法进展

    7. 小结与建议

    8. 致谢

    9. 竞争性利益声明

    10. 伦理学声明

    11. 参考文献

三. 图、视频和表格

      图:如果是文章原稿提交,Bio-protocol鼓励作者将图嵌入文本文件中(PDF文件中包括的图除外)。文章接收后,Bio-protocol要求提供采用标准图像格式(例如:TIFFJPEGPNG),最低分辨率为300 dpi的单个文件。一般情况下,图的宽度应在78.7毫米到147毫米之间,特殊图片宽度不得不小于70mm的,可不按上述规定处理。图中所有文字字号:8-12单个面板标注格式:用“ABC…”(大写 ,粗体)标注。 整篇实验方案中,图中使用的字体要保持一致。

     图像文件的处理不应导致原始图像误读。请参见Rossner YamadaJournal of Cell Biology, 166:11)中的,What's in a picture? The temptation of image manipulation(图片中应包含什么?图像处理的误区),了解不当的图像处理案例和有价值的操作指导。

视频:视频要清晰,普通的智能手机摄像头亦可录制足够清晰的视频。Bio-protocol要求采用标准视频格式(例如MOVMPEGAVI)。

    表格:表格应按照在实验方案中出现的时间顺序编号,且应该放在文中首次引述之后。表格大小没有限制;Bio-protocol编辑团队会适当调整表格大小,以达到最佳的在线呈现效果,如果表格过大,则会建议作者将表格作为补充文件纳入。

    所有图、视频和表格均应当有准确且相关的标题和图例。

四. 命名法

      要求使用标准的科学命名法。物种、基因、基因型和变种名使用斜体。应当查询相关物种的遗传数据库,以确保使用正确的名称。Bio-protocol鼓励作者使用物种的常用名常用名称(在常用名称适用的情况下),首次使用时需在圆括号中提供拉丁文名称。作者应当确定其使用的命名法是否符合公认的业界标准。

五. 数值数据

    Bio-protocol要求作者提供数据处理和分析方法,包括采用的统计检验、数据纳入或排除标准,以及生物学重复次数等详情。如果研究原著中已经有这些信息,作者应该在稿件的数据分析部分指出,并提供相应的引用链接。

六. 参考文献

    要求作者列出所有相关参考文献,但不要求作者必须按照Bio-protocol的格式编排参考文献,Bio-protocol编辑团队会完成此部分工作。Bio-protocol具体参考文献格式示例如下:

期刊论文

Bindschedler, L. V., Dewdney, J., Blee, K. A., Stone, J. M., Asai, T., Plotnikov, J., Denoux, C., Hayes, T., Gerrish, C., Davies, D. R., Ausubel, F. M. and Bolwell, G. P. (2006). Peroxidase-dependent apoplastic oxidative burst in Arabidopsis required for pathogen resistance. Plant J 47(6): 851-863.

专著

Ohno, S. (1970). Evolution by gene duplication. Springer-Verlag, New York, p. 160.

七. 文章模板

实验方案类文章

1. 实验用果蝇的饲养及管理

https://cn.bio-protocol.org/bio101/e1010250

2. 利用荧光实时定量PCR技术进行表达谱分析

https://cn.bio-protocol.org/bio101/e1010115

生信分析类文章

1. miRNA-seq数据分析

https://bio-protocol.org/bio101/e1010249

2. mRNA-seq分析

https://bio-protocol.org/bio101/e1010251

综述类文章 

暂无模板,除文章必需部分外,作者可自由安排文章结构组成。



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1 王德华

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