smileleaf的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/smileleaf

博文

以ggplot2绘制GWAS中染色体遗传力与长度回归图

已有 3288 次阅读 2016-1-6 15:11 |个人分类:R|系统分类:科研笔记| 染色体, 遗传力

script如下:

data <- read.table("chrome_bs.csv",header=T,sep=",")

   #csv文件有标题行,至少含两列数据染色体长度(size)和染色体遗传力(h2)
library("ggplot2")

tiff("chrome_bs.tiff",height=1600,width=2400,res=300,compression="lzw")

ggplot(data,aes(gene,bs))+geom_point(cex=10,pch=21,bg="green",col="red")+geom_smooth(method=lm,colour="blue",size=1.5)+geom_text(aes(label=chr))+xlab("Chromosome genes")+ylab("Chromosomewise heritability")+theme(axis.text=element_text(size=12,face="bold"),axis.line = element_line(size =1.2,colour="black"),axis.title=element_text(face="bold",size=16))+scale_x_continuous(breaks=seq(0,3000,by=400))+ggtitle("Bivariate Stream")

dev.off()

结果类似下图:




https://blog.sciencenet.cn/blog-522896-948504.html

上一篇:福昕的搜索功能真强啊
下一篇:R: 遗传相关系数
收藏 IP: 49.71.59.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-24 01:39

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部