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青椒21：早晨收到拒稿信，于是起床跑了组半马
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今天早晨醒的早，无聊刷了下邮箱，一封拒稿信冒了出来，心情瞬间就不好了。
于是默默的起床，换上装备，跑了一组半程马拉松（21.2公里）。跑步的线路是我最喜欢的独墅湖畔。一路上风景如画，我却无心欣赏；一直闷头跑步，内心满是愤懑。
（作者注：跑步是调节心情的好方式。跑步的时候，所有的情绪都自然的烟消云散。前面写“内心满是愤懑”主要是为了烘托气氛。）
拒稿这种事情实在不算什么大事，郁闷主要是因为我个人对这篇文章的期待很高。这篇文章设计了一个全新的计算模型，从量化的角度贴切的描述了所研究的生物对象，而且后面的“方法比较”和“生物学解释”也有不少新意。另外，该方法中用到的思想应该也是我今年能拿到的国家自然基金的关键因素（见博文：国基中了，但以后的科研策略不变），可以说这篇文章是我个人迄今为止最满意的一个工作。不过不管怎么说，论文还是悲剧了，尤其是前几天才刚刚夸下海口吹了牛（见博文：跟学生吹了个牛），现在却没有脸面再见我的合作者了。
确实需要认真的反省这段时间的问题，从前一段时间的信心满满到今天的拒稿信，落差不能不说很大。思来想去，觉得还是江core的评价最为贴切，自己确实是“too young too simple, sometimes naïve. ”以后需要学的东西还太多，不要自以为是。
闷头跑步的时候一直再想：被拒稿了，下面应该怎么办？如果别人是我又会怎么办。很想问问科学网的几个著名博友，看看他们怎么回答。在我的假想中，结果可能是这样的。
如果G的论文悲剧了，他也许说：“这帮狗屁专家，写的审稿意见都没在点上，一看就是外行。想打压我，没门。凡是敌人赞成的我们都要反对，我绝不会放弃让他们如愿，老子早晚做大东西出来给他们看。”
如果C的论文悲剧了，他可能说：“老子有真东西，不怕。此地不留爷，自有留爷处；拒我的稿又怎样，看我换个期刊再投。没有你个白（bioinformatics）屠户，老子就要吃带毛猪不成？”
如果M的论文悲剧了，估计他会说：“审稿专家都是免费为我们服务的。我们应该认真对待审稿意见，把这当作我们提高的一种手段，进一步完善文章的内容，提高自己的水平，保证类似的问题今后不再发生。”（作者注：以上纯属玩笑之语，三位博主请勿见怪。）（作者注：仔细想了想，还是换成字母妥帖些。）
至于我自己，对这拒稿的想法如下：
细读审稿人的评语后可以说，审稿人实际上没有指出论文的任何硬伤。收到的4个major comments其实都不难回复。个人理解，考虑到论文的创新性比较强，编辑整体给“大修”就足够了，“拒稿并且不允许重投”其实过于严厉。
严厉的理由可能是由于论文使用了过于特别的技术。由于论文使用了基于Dirichlet process的复杂层次模型和基于MCMC的解法并应用于近几年才出现的比较小众的高通量技术，熟悉相关内容的潜在审稿人可能很少。实际上，审稿系统不断的变换“under review”和“waiting for reviewer assignment”两种状态，表明审稿邀请不断被拒绝。在最后，杂志其实只收到一个审稿人的审稿意见，这在《Bioinformatics》这种级别的杂志里应该并不多见。 记忆中马军有过一篇博文说到过，找不到审稿人本身就可以作为拒稿的理由。我这篇文章可能需要投到更统计一些的杂志去，比如《Biostatistics》。（不过，以我半路出家的统计背景完成的这篇文章，通过统计一区杂志的审核基本没有可能。）
大创新是比较难发表的；相比之下，小创新发表起来就容易不少。其实很多人都表达过类似的观点。这篇文章整体上非常新，所以发表起来反而难；后面还有两篇小创新的论文可能也会试一试比较好的杂志，看看他们最后能发表到哪里吧。不管怎么说，如果课题组基金申请书中最核心的思想最终发到一个不太入流的杂志总让人不太舒服；不过，如果现实如此，那就只能接受了。
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