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label or label free proteomcis

已有 3248 次阅读 2011-5-27 21:24 |系统分类:科研笔记| Nano, column, 蛋白质组, Orbitrap

今天和Thermal工程师交流一下,谈到label free定量的问题,我是一直想做这种的,因为简单,线性范围较宽,可以同时比较多个样品。不过工程师不建议我这样做,原因是设备条件要求比较高,例如要用nano liter的色谱泵,商品化的nano column and emmiter,以保证每次进样的重复性。这么说来,我目前的条件还不能做,因为用的是micro liter进样,通过分流达到的纳升进样,这样流速其实很不稳定。其次,我使用手工的毛细管填料柱,手工拉制emmiter,这些硬伤无法保证样品的重复性。
预实验表明,用如此系统,分析重复仅有60%左右的重复结果,若是不同样品进行label free,真是不行的。
如此看来,只能尽量提高标记样品的鉴定率了,标记效率还可以,不用考虑。
另外,磷酸化肽段真是讨厌,总是那么少,用Orbitrap velos也没好多少。
有一段时间了,有点烦乱,是自己的问题。


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