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R语言下载序列并统计序列长度及物种信息

已有 8055 次阅读 2015-3-30 08:59 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 统计, 下载序列, 序列长度, 物种信息

#R语言下载序列并统计序列长度及物种信息

 

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

#预装函数(此函数代码将在发布24小时之后删除)

Down.seq <- function(File.accession){

  ……  

}

 

#使用方法

 

path = "……" #工作目录,存放你的序列清单文件的地方

setwd(path) #进入工作目录

File.accession =  "dataBlist.txt" # 序列清单文件,须为txt格式

Down.seq(File.accession)  #运行,结果是一个名为dataBlist的文件夹中有你要下载的序列和一个名叫“seqinfo.csv”的表格文件,文件中有序列对应的物种、序列长度等信息。

 

注意,你的R平台上需要预装apeseqinr两个包。

 

 

 




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