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R语言计算DNA序列的遗传距离

已有 10288 次阅读 2014-11-10 17:10 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 遗传距离, DNA序列

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 




library(ape)

path = "……/R语言计算DNA序列的遗传距离"

setwd(path)

fas.F = read.FASTA("seqdumpB.fas")

mat = dist.dna(fas.F,as.matrix = T)

write.csv(mat,file = "genetic distance.csv")




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