#R语言批量读取DNA序列的地点信息

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

path = "……"

setwd(path)

infile = "sequence.gb"

F.gb = readLines(infile)

indexA = grep("ACCESSION",F.gb)

mat = matrix(NA,length(indexA),4)

mat[,1] =  F.gb[indexA]

mat[,2] =  indexA

indexB = grep("country=",F.gb)

for(i in indexB){

 for(j in 1:(length(indexA)-1)){

   if(i>indexA[j] & i< indexA[j+1]) mat[j,3] = F.gb[i]

   else next

 }

}