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#作者信息
熊荣川
六盘水师范学院生物信息学实验室
http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz
一、 MEGA6
mega似乎做系统发育的人都知道,而且好像入门必备。这个软件保罗万象,糅合各种工具于一体,界面友好,所以有人戏称,如果MBE(杂志)的引用率下降,就会发布一个mega新版本提升影响因子,可见其使用之广泛。2013年更新至第六版。mega的部分功能我们之前的博客也有所介绍
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-740163.html (使用mega5统计DNA序列的碱基组成)
二、jmodeltest
核苷酸序列替换模型筛选软件。模型丰富,界面友好,支持多线程。2014年有了服务器版本,美其名曰云计算版本,jmodeltest. org。更多信息可以参考我们之前发表的博客
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-465649.html (使用Modeltest筛选核苷酸替换模型)
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-591360.html (怎样使用mrmodeltest帅选核苷酸替换模型
)
三、RAxML Version 8
RAxM是强大的最大似然法系统发育树构建工具,这在我们之前的系列博客中已有介绍
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-680618.html (Raxml 可视化软件raxmlGUI)
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-517703.html (用RAxML构建系统发育树并计算节点支持率
)
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-575239.html (使用RAxML分割数据并构建最大似然树)
http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-467160.html (最大似然法建立进化树的软件之一RAxML
)
2014更新至版本8,增加了很多新功能,例如形态离散特征的分析,自举检验次数的自动评估等。
参考文献
Tamura, K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 [J]. Molecular biology and evolution, 30(12): 2725-2729.
Santorum, JM, Darriba D, Taboada GL, Posada D. 2014. jmodeltest. org: selection of nucleotide substitution models on the cloud [J]. Bioinformatics: btu032.
Stamatakis, A. 2014. RAxML Version 8: A tool for Phylogenetic Analysis and Post-Analysis of Large Phylogenies [J]. Bioinformatics: btu033.
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