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R语言去掉系统发育树的特定类群tip

已有 6434 次阅读 2014-5-2 19:48 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, tip, 系统发育树, 去掉, 特定类群

R语言去掉系统发育树的特定类群tip

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

生物信息学上构建系统发育树通常分析多个类群的关系。而当辛辛苦苦把系统发育树建好之后，我们往往在特定的研究中想知道去掉某些特定的类群（Tip）之后，系统发育树会发生什么样的变化。下面是R语言ape包中的一个简单例子

> library(ape)

> intree = "exampleTree2.nwk"

> Otr <- read.tree(intree) #读入系统发育树

> plot(Otr,show.node.label = T,use.edge.length = F)

> Otr = drop.tip(Otr,"sp5") #去掉sp5> plot(Otr,show.node.label = T,use.edge.length = F)

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