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R语言中调用外部序列比对软件muscle为例

已有 8078 次阅读 2014-4-3 21:18 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 调用, Muscle, 外部序列比对软件

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

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library(ape)
library(stringr)  


seq = read.dna("CO1.fas", "fasta") #读入待比对的DNA序列
seq_align <- muscle(seq)  #调用muscle进行比对,结果保存为seq_align
coi_tr <- nj(dist.dna(seq_align)) #使用距离法建树,nj树
plot(coi_tr) #查看所见系统发育树


特别注意:muscle.exe须在你的工作目录中,或事先设置好系统路劲。




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