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R语言去掉Genbank带NC_的序列号

已有 4438 次阅读 2014-3-26 14:15 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, genbank, 去掉, 带NC_的序列号

R语言去掉Genbank带NC_的序列号

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

# 预装函数

#Genbank中现在的序列常常有些带NC_前缀的序列号。其实这些序列是Genbank审核过的线粒体基因组序列，且往往和作者上传的序列重复（序列号不一样，带NC前缀的基因名称更规范），因此在进行处理分析之前去冗余是必须的，由于原始的序列号没有固定的特征，我们建议去掉带NC_前缀的序列号。下面是相关的R语言函数。

#原始代码已在发布24小时后删除。

#使用方法

path ="D:……" > setwd(path) #设置工作路劲> filelist = dir(path) #如果我们要把所有文件的后缀都去掉

> mat = matrix(NA,length(filelist),2)

> View(mat)

> mat = matrix(NA,length(filelist),2)

> for(i in 1:length(filelist)){

+ infile = filelist[i]

+ mat[i,1] = infile

+ Detag.1(infile)

+ mat[i,2] = Detag.NC(infile)

+ }

> View(mat)

> write.csv(mat,file = "基因组数据统计.csv")

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自熊荣川科学网博客。
链接地址：https://blog.sciencenet.cn/blog-508298-779349.html

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