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在R语言中使用遗传距离矩阵构建简单的系统发育树

已有 1060 次阅读 2013-9-11 20:56 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记|关键词:R语言 遗传距离矩阵 系统发育树 聚类 NJ树 ape

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

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一般的遗传距离矩阵如下图

对这样的矩阵稍作修改,删除标题行列,保存为“Fst.csv”

library(ape)  #需要用到ape程序包
M2 = read.csv("Fst.csv",head = F)  #输入表格
dimnames(M2) <- list(1:8, 1:8)  #为表格设置行列名称

M2<-as.matrix(M2)   #将表格转化成矩阵格式
tr2 <- bionj(M2)  #构建NJ树
pl树ot(tr2, "u")   #输出系统发育

 



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