RNA结构预测工具PPfold 3.0

熊荣川 译

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

随着物理方法测定的 RNA结构数据越来越丰富，以及 RNA初级、高级结构之间关系研究的深入，现在涌现出一大批基于系统发生和已有 RNA结构数据库来预测未知 RNA结构的生物信息学方法，相应也产生了学多软件工具，下面简单的介绍其中一款软件PPfold 3.0。

PPfold 3.0一款基于Pfold算法的RNA二级结构预测工具软件，是PPfold的升级，更丰富了既有RNA结构的参考和算法的优化。该软件为java程序，不依赖任何操作系统，可以到以下地址下载安装使用。

http://birc.au.dk/software/ppfold.

原文：

PPfold 3.0: Fast RNA secondary structure prediction

using phylogeny and auxiliary data

Zsuzsanna S¨uk¨osd 1;2;3_, Bjarne Knudsen 4, Jørgen Kjems 1;2, and Christian

NS Pedersen 3;5

ABSTRACT  PPfold is a multithreaded implementation of the Pfold algorithm for RNA secondary structure prediction. Here we present a new version of PPfold, which extends the evolutionary analysis with a

Contact Zsuzsanna S¨uk¨osd, zs@birc.au.dk.