熊荣川 xiongrongchuan@126.com

在进行功能基因组的分析中，密码子经常作为分析的基本单位。因此，在进行功能基因的序列比对时就不能像非功能基因（如12S rDNA）以核苷酸为基本的比对单元。从表征上看，功能基因的比对结果应该是（1）序列长度应该是3的倍数；（2）缺口大小也应该是3的倍数。

通常来说，功能基因的比对原理是以该基因编码的蛋白质序列为指导模板进行比对，一方面自然满足以上两方面的要求，另外最为重要的是因为蛋白序列由21个可能的氨基酸残基组合而成，其比对之后再进行相应的核苷酸序列比对有利于提高“信噪比”。

其实很多软件和网络服务器都提供了这种比对功能（以后我们会逐一介绍），下面就发布不久的Mega5软件进行简单的演示。

首先是下载我们所要研究的目标功能基因序列，删除密码子同时检查序列长度是否为3的倍数。