蛋白质编码基因中的核苷酸置换可能是同义置换也可能是非同义置换，前者不改变所编码的氨基酸，也称为沉默置换，后者则使所编码的氨基酸发生改变。通常绝大多数的非同义置换都会被纯化选择所淘汰，但是在某些情况下，达尔文选择则可能将之保留。因此研究同义置换和非同义置换的数量可以提供作用于某个系统的选择压信息。

本文主要介绍Nei and Gojobori方法（Nei et al.，1986）估计同义及非同义置换。这种方法第一步要求枚举每个密码子中同义及非同义位点数目，而密码子的每个位点可能部分地是同义位点，同时又部分地作为非同义位点。比如2倍简并位点，如果置换不改变氨基酸，则该位点作为同义位点；反之，如果同一个位点的置换改变了所编码的氨基酸，则改位点作为非同义位点。全文  

同义置换和非同义置换率的估计.pdf

参考文献

Nei M,Gojobori T (1986). "Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions." Molecular biology and evolution 3(5): 418-426.