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【每周文献】2019.08.12-2019.08.18

已有 661 次阅读 2019-8-18 21:13 |个人分类:科研随笔|系统分类:科研笔记

1.NB-LRR蛋白影响自身免疫反应 2019-PJ

NB-LRR蛋白影响自身免疫反应

在前期研究中,鉴定到了一个基因PP1参与植物免疫。本研究通过遗传筛选寻找topp4-1的supressor,并通过图位克隆鉴定到了基因sut1。该基因编码一个CC-NBS-LRR蛋白,可以和TOPP4以及topp4-1直接互作。topp4-1突变可以促进SUT1的mRNA以及蛋白积累,从而诱导植物免疫。

Take Home Message

关于NB-LRR保守domain的功能总结:

CC/TIR:识别下游底物

NB-ARC:是分子开关,通过结合并水解ATP,以及结合ADP调节蛋白的状态

LRR:参与识别effector,通过分子内互作导致自抑制

2.转座子起源的siRNA调节拟南芥生殖隔离 2018-Developmental Cell

转座子起源的siRNA调节拟南芥生殖隔离

siRNA845是起源于转座子的siRNA,它以UBP1b为靶标,调节三倍体种子的存活。PEG2可作为分子海绵,吸附并滞留siRNA845,解除其对UBP1b的抑制,使三倍体种子无法存活。

分子机制示意图

分子机制示意图

Take Home Message

  1. 预测sRNA靶标的网站:psRNATarget

  2. Promoter-Gene-GFP作为报告基因,快速检测sRNA是否可以调控该基因的表达(转录/转录后水平)

  3. sRNA和target在8-11位匹配度较好时,可能切割mRNA,有错配时,可能抑制翻译

3.OsRac1和RAI1参与R蛋白介导稻瘟病抗性  2019-New Phytologist

OsRac1和RAI1参与R蛋白介导稻瘟病抗性

本文揭示了R蛋白PID3介导水稻稻瘟病抗性信号通路的下游组分。OsRac1是一个GTPase,作用于PID3的下游,是其引发免疫反应所必需的。另外,通过酵母装杂交筛选,鉴定到了一个PID3互作蛋白RAI1。RAI1是一个转录因子,可以和PID3的CC domain直接互作,直接参与了PID3介导的免疫反应。另外,PID3可以诱导RAI1的表达,并且这一过程依赖于OsRac1。

Take Home Message

1.R蛋白全长的表达非常困难,一般是由于LRR domain的作用,可以删除LRR domain看是否能够增加蛋白的表达量。

2. 许多研究都表明CC domain参与了和底物的相互作用,可以用CC domain筛选互作蛋白。

3. 有些底物的互作具有domain特异性,可以使用CC,NB-ARC和CC-NBS-ACR分别进行互作蛋白的筛选。

4. 通过遗传学实验进行表型的验证后,许多生化和分子实验都可以使用原生质体来做,以加快进程。

5. PID3既和位于胞质中的OsRac1互作,又和位于细胞核中的RAI1互作,暗示PID3可能会在细胞核和细胞质之间穿梭,并且这种穿梭特性有可能是PID3发挥功能所必须的。



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