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基因组学状况
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人类基因组计划，在进入大学就知道了，而且知道中国参与了1%。但是对基因组学确并不太了解，在研究生毕业找工作的一个偶然机会，才接触到这个东西，当时感觉好像很神圣，人类基因组计划——可以和阿波罗登月计划相提并论的伟大计划。慢慢的对基因组学的了解也越来越多，随着测序技术的发展，越来越多的基因组被测定，面对如此众多的基因组数据，生物信息分析就显得越来越重要。以下是截止到目前基因组测序已经完成发表文章的物种。感叹如今的技术革新之快，测序技术发展的迅猛；想当初，人类基因组，3G花了10年的时间，30亿美金；而如今一序列的物种在非常短时间内就相继完成！
| 植物基因组(17) | |||||||||
| 中文名 | 拉丁名 | 科、属 | 基因组大小 | 倍性、染色体 | 发表时间 | 刊物 | 主要研究者及国家 | 测序方法、策略 | 组装情况及指标 |
| 拟南芥 | Arabidopsis thaliana | 十字花科(Brassicaceae) 鼠耳芥属(Arabidopsis) | 125M | 2n=10条 | 2000.11 | Nature | 欧美科学家共同完成 | Sanger 构建 BAC、TAC、 Cosmid文库测序 | |
| 水稻 | Oryza sativa | 禾本科Poaceae稻属Oryza | 466M | 2n=24条 | 2002.4 | science | 中国科学院基因组生物信息学中心暨北京、杭州华大基因研究中心 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)6.69kb ;(scaffoldN50)11.76kb |
| 杨树 | Populus trichocarpa | 杨柳科、杨属 | 480M | 2n=19条 | 2006.9 | science | 美国橡树岭国家实验室、田纳西州大学植物科学系，西弗吉尼亚大学生物系等39处研究机构 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)126kb ;(scaffoldN50)3100kb |
| 葡萄 | Vitis vinifera | 葡萄科、葡萄属 | 490M | 2n=38条 | 2007.9 | Nature | 法国Genoscope国家基因测序中心领导的法国和意大利科学家 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)64kb ;(scaffoldN50)1.9Mb |
| 衣藻 | Chlamydomonas reinhardtii | 衣藻科、衣藻属 | 130 Mb | 2007.1 | Science | 美国加利福尼亚大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)41.7 kb;(scaffoldN50)1.63 Mb | |
| 苔藓 | Physcomitrella pattens | 葫芦藓科、小立碗藓属 | 480M | 2008.1 | science | 德国弗莱堡大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (scaffoldN50)1.32 Mbp | |
| 番木瓜 | Carica papaya | 番木瓜科、番木瓜属 | 370M | 2n=18 | 2008.4 | Nature | 美国夏威夷农业研究中心 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)11kb;(scaffoldN50)1Mb |
| 三角褐指藻 | Phaeodactylum tricornutum | 褐指藻属 | 27.4M | 2008.11 | nature | 巴黎法国等 | Sanger whole-genome shotgun | ||
| 高粱 | Sorghum bicolor | 禾本科、高粱属 | 730M | 2n=20条? | 2009.1 | Nature | 美国农业部 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)187.1 kb;(scaffoldN50)7.0 Mbp |
| 玉米 | Zea mays ssp. mays L. | 禾本科、玉米属 | 2300M | 2n=20条 | 2009.11 | science | 美国华盛顿大学等 | Sanger BAC by BAC | (contigN50)40 kb;(scaffoldN50)76 kb |
| 黄瓜 | Cucumis sativus L. | 葫芦科、黄瓜属 | 350M | 2n=14条 | 2009.11 | Nature Genetics | 华大基因 | Sanger + Illumina GA | (contigN50)19.8kp;(scaffoldN50)1,140kb |
| 大豆 | Glycine max | 豆科、大豆属 | 1100M | 2n=40条 | 2010.1 | Nature | 美国HudsonAlpha基因组测序中心等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)189.4 KB;(scaffoldN50)47.8 MB |
| 二穗短柄草 | Brachypodium distachyon | 禾本科、短柄草属 | 260M | 2n=10条 | 2010.2 | Nature | 美国农业部 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)347.8 Kb;(scaffoldN50)59.3 Mb |
| 褐藻 | Ectocarpus | 水云属 | 196M | 36 | 2010.6 | Nature | 巴黎匹兹堡大学医学中心等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50) 32,862bp;(Scaffold N50 ) 504,428bp |
| 团藻 | Volvox carteri | 团藻属 | 138M | 2010.7 | science | 美国联合基因组研究院 | whole-genome shotgun | (contigN50)42.7 kb;(scaffoldN50)1.41Mb | |
| 苹果 | Malus × domestica Borkh. | 蔷薇科、苹果属 | 742M | 2n=34条 | 2010.9 | Nature | 意大利、美国等 | Sanger、 454 测序WGS | (Contig N50)13.4kb;(ScaffoldN50)1,542.7kb |
| 蓖麻 | Ricinus communis | 大戟科、蓖麻属 | 350M | 2n=20条 | 2010.8 | Nature | 美国J. Craig Venter研究院、基因组科学研究院等 | Sanger whole-genome shotgun | (Contig N50)21.1kb;(ScaffoldN50)496.5kb |
| 动物基因组(38) | |||||||||
| 中文名 | 拉丁名 | 科、属 | 基因组大小 | 染色体数量 | 发表时间 | 刊物 | 主要研究者及国家 | 测序方法、策略 | 组装情况及指标 |
| 小家鼠 | Mus musculus | 鼠科 | 2.5 G | 2n=40条 | 2002 | Nature | 英、美、德等国 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)24.8 kb;(scaffoldN50)16.9Mb |
| 红鳍东方豚 | Fugu rubripes | 鲀科、东方鲀属 | 380M | 2002 | Science | 新加坡分子与细胞生物学研究院、剑桥大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50);(scaffoldN50) | |
| 按蚊 | Anopheles gambiae | 蚊科、按蚊属 | 280M | 2n=6 | 2002 | Science | 美国等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50);(scaffoldN50) |
| 大鼠 | Rattus norvegicus | 啮齿目、鼠科 | 2.75 G | 2n=42条 | 2004 | Nature | 美国得克萨斯州贝勒医学院等 | Sanger 全基因组鸟枪法（60%比例）与BAC by BAC（40%比例）相结合 | (contigN50)38kb;(scaffoldN50)5,402kb |
| 家蚕 | Bombyx mori | 鳞翅目、蚕蛾科 | 428.7 M | 2n=28 | 2004 | Science | 中国深圳华大基因研究院 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)12.5 kb;(scaffoldN50)26.9 kb |
| 鸡 | Gallus sonneratii | 雉科、原鸡属 | 1.06G | 2n = 78 | 2004 | Nature | 中国华大、英国、美国等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)36kb;(scaffoldN50)7.1 Mb |
| 黑斑鲀 | Tetraodon nigroviridis | 鲀科 | 340M | 2N=42条 | 2004 | Nature | 法国、西班牙、美国 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)16KB;(scaffoldN50)984KB |
| 狗 | Canis familiaris | 犬科、犬属 | 2.5 G | 2n=38 | 2005 | Nature | 哈佛、麻省理工、剑桥等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)180 kb;(scaffoldN50)45.0Mb |
| 猩猩 | Pan troglodytes | 猩猩科、黑猩猩属 | 2.7G | 2n=42 | 2005 | Nature | 麻省理工、哈佛、剑桥等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)15.7kb;(scaffoldN50)8.6Mb |
| 猪 | Sus scrofa | 猪科、猪属 | 2.95G | 2005 | BMC | 中国华大、丹麦 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50);(scaffoldN50) | |
| 海胆 | Strongylocentrotus purpuratus | 海胆纲 | 1G | 2006 | Science | 人类基因组测序中心、贝勒医学院等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)9Kb;(scaffoldN50)65kb | |
| 猫 | Felis catus | 猫科、猫属 | 2.7GB | 2n=38 | 2007 | Genome Research | 国际人类基因组研究中心等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)2378 bp;(scaffoldN50)117 kb |
| 果蝇 | Drosophila spp. | 果蝇科、果蝇属 | 120M | 2n=8 | 2007 | Nature | 麻省理工学院、哈佛大学、剑桥大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50);(scaffoldN50) |
| 短尾负鼠 | Monodelphis domestica | 负鼠科、短尾负鼠属 | 3.4G | 2007 | Nature | 麻省理工学院、哈佛大学、剑桥大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)108kb;(scaffoldN50)59.8MB | |
| 海葵 | Nematostella vectensis | 海葵目 | 357M | 2n = 30 | 2007 | Science | 美国JGI能源部等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)19.8kb;(scaffoldN50)472kb |
| 猕猴 | Macaca mulatta | 猴科、猕猴属 | 2.87G | 2n=42 | 2007 | Science | 人类基因组测序中心、贝勒医学院等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)25.7kb;(scaffoldN50)24.3Mb |
| 伊蚊 | Aedes aegypti | 蚊科、伊蚊属 | 1376M | 2n=6 | 2007 | Science | 美国MCD基因组研究院、欧洲生物信息研究院等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)82.6Mb;(scaffoldN50)1.5 Mbp |
| 赤拟谷盗 | Tribolium castaneum | 鞘翅目、拟步行虫科、拟谷盗属 | 204M | 2008 | Nature | 人类基因组测序中心、贝勒医学院等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)41kb;(scaffoldN50)992kb | |
| 丝盘虫 | Trichoplax adhaerens | 丝盘虫科、丝盘虫属 | 104M | 2008 | Nature | 美国加利福尼亚大学、美国JGI能源中心等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)204.2Kb;(scaffoldN50)5.79 Mb | |
| 鸭嘴兽 | Ornithorhynchus anatinus | 鸭嘴兽科、鸭嘴兽属 | 1.84G | 2n=52 | 2008 | Nature | 美国华盛顿大学、澳大利亚国家大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)12kb;(scaffoldN50)967kb |
| 文昌鱼 | Branchiostoma floridae | 文昌鱼科、文昌鱼属 | 520M | 2008 | Nature | 美国JGI能源中心等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)25.6kb;(scaffoldN50)1.6MB | |
| 秀丽隐杆线虫 | Caenorhabditis elegans | 小杆总科、Caenorhabditis亚属 | 100G | 2008 | Nature Methods | 华盛顿大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50);(scaffoldN50) | |
| 猛犸象 | Mammuthus primigenius | 象科、猛犸象属 | 4.7G | 2009 | Nature | 美国宾夕法尼亚大学、俄罗斯科学院等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50);(scaffoldN50) | |
| 裂吸虫 | Schistosoma mansoni | 血吸虫属 | 360M | 2009 | Nature | 桑格研究院、欧洲生物信息研究院等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)16.3kb;(scaffoldN50)879kb | |
| 血吸虫 | Schistosoma japonicum | 血吸虫属 | 397M | 2009 | Nature | 中国国家人类基因组中心、复旦大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)6.1kb;(scaffoldN50)173.6kb | |
| 马 | Equus caballus | 马科、马属 | 2.7G | 2n=64 | 2009 | Science | 英国剑桥中心、美国等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)112kb;(scaffoldN50)46 Mb |
| 牛 | Bos taurus | 牛科、牛属 | 2.87 G | 2n=60 | 2009 | Science | 美国乔治城大学等 | BAC and whole-genome shotgun (WGS) | (contigN50)48.7 kb;(scaffoldN50)1.9 Mb |
| 熊猫 | Ailuropoda melanoleura | 熊科、大熊猫属 | 2.25G | 2n=42 | 2010 | Nature | 中国深圳华大基因研究院 | Illumina whole-genome shotgun | (contigN50)39.8kb;(scaffoldN50)1,281kb |
| 海绵 | Amphimedon queenslandica | 多空动物门 | 190M | 2010 | Nature | 美国加利福尼亚大学、德国海德堡大学等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)11.2kb;(scaffoldN50)120kb | |
| 人类体虱 | Pediculus humanus humanus | 人虱属 | 110M | 2010 | PNAS | 美国伊利诺斯大学、英国半戈大学登 | Sanger whole-genome shotgun | (scaffoldN50)488 kb | |
| 豌豆蚜虫 | Acyrthosiphon pisum. | 517M | 2n=8 | 2010 | Plos | 国际蚜虫基因组协会 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)10.8 kb;(scaffoldN5088.5 kb | |
| 非洲爪蟾 | Xenopus tropicalis | 负子蟾科、非洲爪蟾属 | 1.7 G | 2n=20 | 2010 | Science | 美国、英国等 | Sanger whole-genome shotgun | (contigN50)17.0 KB;(scaffoldN50)1.6 MB |
| 水螅 | Hydra | 水螅科、水螅属 | 1.05G | 2n=40 | 2010 | Nature | 美国JGI能源部、J. Craig Venter研究院、德国海德堡大学等 | whole-genome shotgun | (contigN50)12.8kb;(scaffoldN50)63.4kb |
| 珍珠鸟 | Taeniopygia guttata | 文鸟科、梅花雀属 | 1.2G | 2010 | Nature | 美国华盛顿大学等 | whole-genome shotgun | (contigN50)39kb;(scaffoldN50)10M | |
| 金小蜂 | Nasonia vitripennis, N. giraulti, N. longicornis | 膜翅目、金小蜂科 | 295M | 2010 | Science | 美国罗切斯特大学等 | Illumina GA2&Sanger | (contigN50)18.5kb;(scaffoldN50)709kb | |
| 蚂蚁 | Camponotus floridanus ,Harpegnathos saltator | 蚁科 | C. floridanus240 Mb; H. saltator330 Mb | 2010 | Science | 中国深圳华大基因研究院等 | Illumina whole-genome shotgun | C. floridanus(contigN50)2,523bp;(scaffoldN50)603kb;H. saltator(contigN50)2,055bp;(scaffoldN50)598 kb | |
| 火鸡 | Meleagris gallopavo | 吐绶鸡科、吐绶鸡属 | 1.1 Gb | 2n= 80 | 2010 | PLoS Biology | 美国动物家禽科学部、美国农业部等 | Roche/454 GS-FLX 和Illumina Genome Analyzer II 测序平台,whole-genome shotgun | (contigN50)12,594 bp;(scaffoldN50)1.5 Mb |
| 库蚊 | Culex quinquefasciatus | 蚊科、库蚊属 | 540M | 2n=6 | 2010 | Nature | 美国加州大学河滨分校等 | whole-genome shotgun | (contigN50)28.55 Kb;(scaffoldN50)486.76 Kb |
https://blog.sciencenet.cn/blog-491809-376033.html
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