|||
计算xyz轨迹文件中两个groups之间的距离:
方法1:
将xyz文件转换成xtc文件, 使用trj_xyz2xtc.exe(win下)或mytrj_xyz2xtc.dat(Unix下)。
方法2:
opt优化过程的xyz没有时间项,可以用vmd来算。
有现成写好的脚本:
https://github.com/ipudu/useful-vmd-scripts/blob/master/distance.tcl
注意这并不是一个proc函数,而是一个脚本,需要修改头部参数,然后source distance.tcl。
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2025-1-10 12:28
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社