谢谢天外来客的指点。

-----------------------------以下输入用来做AIM2000的计算需要的wfn文件
#b3lyp/tzvp geom=allcheck guess=read
output=wfn

H2O.wfn

-----------------------------

-----------------------------以下输入用来做GenNBO的计算需要的.47文件
#b3lyp/tzvp geom=allcheck guess=read
pop=nboread

$nbo archive file=filename \$end

-----------------------------------
file=filename 可以省，默认就是FILE.47文件。filename不足4个字符的，会被补充为4个字符。

一些常用的NBO关键词：
       /NRT    / : Perform Natural Resonance Theory Analysis
       /BOAO   / : Print the AO bond-order matrix
       /ARCHIVE/ : Write the archive file to LFN 47
       /BNDIDX / : Print bond indices based on the NAO density matrix
       /FILE   / : Set to H2LE
其中NRT是NBO5之后才有的关键词，所以在算高斯的时候写了也没用。
注意：需要手工修改.47文件，在.47文件的开头的 $NBO \$END 里面插入想要的关键词例如NRT，
才能在NBO5的计算结果中输出下面的离子键和共价键成分等信息：

Natural Bond Order: (total/covalent/ionic)。或者看Natural Atomic Valencies这里。

Linux下运行，命令行如下：

gennbo  XXX.47 > XXX.out