现代自然科学背后是介于休谟怀疑论与康德哲学之间的逻辑实证主义哲学，不认可教科书中所谓“经典马克思主义”。这是因为，科学必须是可证伪和可重复的，而没有约束的辩证法可意会不可言传，是艺术而不是科学！但是，自然科学的飞速发展和科技的广泛应用在推动人类社会高速发展两百余年后，也面临着巨大的问题和挑战。

另一方面，改革开放之后，尤其是最近10年，中国马克思主义哲学及相关研究在相对宽松自由开放的学术氛围中，取得了长足进展。但出于众所周知的原因，这些研究成果很少为大众所知，更没能延伸到自然科学领域。事实上，中国的哲学社会学研究者大多不了解自然科学的最新成果。

辩证唯物主义不是科学，但历史唯物主义是科学！矛盾分析不是科学方法，但自否定是科学的方法论！

凡是做自然科学研究的人通常都会花大量时间跟踪国外最新文献，但往往忽视了对历史的研读和思考。大部分人不知道的是，就在二百年前，在自然科学还没有完全从基督教和哲学中分离出来之前，哲学曾经是“科学的科学”。当年那些著名的近代西方哲学家对学术研究的严谨程度并不亚于当代最优秀的科学家，他们通过哲学思辨对一些基本概念和范畴的探讨对今天的自然科学研究仍有巨大的启示意义。

一个关键的问题是时空观。当今，除了理论物理学研究，化学、生物学和医学研究的出发点仍然是基于经验直观的绝对时空和还原论，即认为复杂化学生物体系行为都服从于几条外在于原子分子的几条基本的物理化学原理，都可以被还原为最基本的几种分子原子间的局域相互作用力、初始条件和随机涨落的叠加。但这种体现了西方个人主义理念的机械的“原子论”观点，已经越来越难以解释在各个层面上观测到的复杂现象。但在哲学层面，机械时空观在逻辑学和方法论上的局限性早已被德国古典哲学的整体时空观和基于自否定的辩证逻辑所超越，但由于所谓“唯物主义”与“唯心主义”间的巨大鸿沟，这些哲学研究成果迄今为止还没有被自然科学家注意到或接受。因此，如果能在不违背基本的物理学原理和科学逻辑的前提下，借鉴康德、黑格尔和马克思的哲学思辨，采用马克思的唯物的、历史的、整体的方法在不同领域对已有的丰富的材料进行重新整理，进而选择合适的角度开展研究，就完全有可能取得重大突破。