Corina简介

Corina软件由德国Erlangen-Nuremberg大学有机化学研究所的Gasteiger研究组开发，现由德国Molecular Networks公司发行，主要用于分子三维结构的生成，同时该软件还可以作为一款结构转化软件来使用。

Corina的命令格式为(举例)：

corina –i t=sdf –o t=mol2 –t tracefile –d rs,wh,neu,r2d,wb input_file output_file

如果在使用中有任何问题，可以使用corina –h 获得在线帮助。

 

Corina参数列表

选项	功能	选项
-i	输入文件	t=<value> 指定输入文件的格式，如t=sdf，支持的格式有sdf, rdf, smiles, mol2, mol, ctx, mmod, mae   sdfi2n=<value> 将sdf文件中的value项作为分子的名称 dummies 允许smiles/sdf/mol/mol2文件保留虚原子 sdfict 忽略二维sdf结构中的E/Z立体异构信息 expandapo 拓展sdf文件中的"M  APO" (sdf)连接点信息(附加点) force3d 强制sdf二维结构转化为三维结构 csdmol2 允许使用CSD 对 MOL2格式的拓展 xelement 允许mol2文件中的额外元素符号
-o	输出文件	t=<value>：输出文件为指定格式，如t=mol2，支持的类型有sdf, rdf, mol, mol2, pdb, ctx, mmod, mae, top, par, odb, cif, dic, dyana   a 将结果添加到输出文件的末尾 mdldb 将其余数据信息添加到sdf文件的数据项以便导入MDL databases数据库 mdlcompact 写出为紧凑的sdf文件 mdl3dparity 加入原子的立体对称性信息 lname 允许大于80个字符的长分子名 gold 产生可以供gold使用的原子或键的类型(mol/mol2) m2l 在原子名上加入同位素质量标记（mol/mol2） noccat 不自动产生c.cat类型的原子(mol/mol2) fcharges 加形式电荷到部分电荷数据列(mol2) nodummies 不输出含有虚拟原子的分子(mol/mol2) xelement 允许其余原子类型(mol2) pdbatom  pdb文件中使用atom标记代替hetatm(pdb) pdbnoconnect 不进行pdb文件的原子键连声明(pdb) pdbludi 产生供ludi 使用的碎片库输入文件(pdb) pdbludilabel 产生唯一的ludi 碎片标识(pdb) resnam=<value> 残基命名为 (pdb/mmod/mae/top/dic/cif/odb/dyana) resno=<value> 将残基编号设为<value>，(pdb/mmod/mae/dyana) keepnames  保留输入文件给定的原子名不变 (pdb/dyana) typechr=<value> 设置原子类型字符为<value> (top/par) dicid=<value> 设置原子群（基团）的编号为<value> (dic)
-t	跟踪文件	s  写到标准输出 n 不做输出 tracefile=<value> 输出为文件
-d	Corina 运行选项	wh：给所有分子加氢 rs：仅保留最大的一个分子，去掉小的分子片段(counter ions, solvent molecules, etc.) neu：中和 [C,S,P]-[O-] and [NH+]上的电荷 flexX 设置所有参数达到flexX要求 stergen 产生立体异构体 msc=<value> 在使用stergen选项时，设置处理的最大手性中心数为<value> msi=<value> 在使用stergen选项时，设置最多产生的异构体的数量为<value> (-d stergen) preserve 在使用stergen选项时，保留已定义了的手性中心 rc 产生环的多个立体构象 mc=<value> 在使用rc选项时，设置最多产生的构象的数量为<value> de=<value> 在使用rc选项时，设置最小的能量差，低于该能量的构象不作输出，单位为kJ/mol timeout=<value> 在使用rc选项时，设置最多产生构象使用的时间，单位为毫秒 flapn 在使用rc选项时，在环中的N采用平面构型，而不是四面体构型 sc 在使用rc选项时，同时产生多个环的构象 symoff 在使用rc选项时，不进行构象对称性的检查 ringatom=<value> 在使用rc选项时，根据原子的value值标志需要进行构象分析的环 names 在使用rc,stergen选项时，根据产生的构象的顺序给分子命顺序名 r2d：删除无法转为3D结构的分子，不输出 wb：保留结构不稳定的3D结构，即仍然输出 no3d 只转换文件格式，而不产生三维结构 ori - 取向根据分子的偶极距方向确定三维分子的方向 canon 首先规则化分子然后产生三维结构 ow 跳过已经有立体信息的手性中心上的锲型键符号 amide 根据输入文件中的设定产生酰胺键 3dst 强制根据输入文件中的立体描述产生3维结构。 newtypes 产生新的原子类型，忽略原有给定的类型或芳香型 errorfile=<value> 将错误的分子输入到该文件中(sdf/smiles)
-v	版本	显示corina的版本
-h	帮助	o显示输出选项的帮助 all显示所有选项的帮助
-n	处理的记录号	记录号处理 n= 第n个；f= 所有的记录号<>；t=<> 所有的都为<>
-m	手册页	将手册页的帮助内容显示到终端上
Input_file	输入文件	输入文件名
Output_file	输出文件	输出文件名

 

其它信息：

出错文件(跟踪文件)给出每个记录的处理时间、结果，从中查找：unable, 可以知道哪些化合物转化不成功；查找Error: 可知道哪些化合物有较大错误，大多是立体结构没有指明；查找Warning: 没有立体结构信息，原子间距太短等

 

           

本文只粗略给出corina的一些选项翻译，未能仔细翻译语言，不当之处，敬请批评指正！

感谢lvwei同学的帮助。

 

 

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