氢分子医学分享 http://blog.sciencenet.cn/u/孙学军 对氢气生物学效应感兴趣者。可合作研究:sunxjk@hotmail.com 微信 hydrogen_thinker

博文

试读春雨老师新一代基因编辑技术的论文 精选

已有 26667 次阅读 2016-5-9 07:36 |个人分类:自然科学|系统分类:科研笔记

52日,Nature系列顶级刊物《自然生物技术》在线发表,来自河北科技大学生物科学与工程学院青年教师韩春雨副教授“DNA-guided genome editingusing the Natronobacteriumgregoryi Argonaute”的重大原创性论文。文章瞬间刷爆微信朋友圈,这里面有两层原因,其一,该项新的基因编辑手段对目前热火朝天的CAS9技术提出了挑战;其二,领导该项研究的青年老师所在的单位和个人基本上籍籍无名。

到底这个研究为什么会有这样大的轰动,可以说一直关注生物医学进展的本人这次缺乏敏感性,今天早上才好好阅读这篇文章,因为分子生物学技术不是内行,只能看个大概。庆幸的是,文章写的比较通俗易懂,根据个人初步阅读理解,转告大家。

当今CAS9技术是利用RNA作为目标导向的基因编辑技术,存在一定问题,例如容易脱靶等,所以许多科学家都挖空心思地改造这个技术。Argonautes是研究了很长时间的一种酶,主要是作为调节RNA干扰系统所谓沉默复合体的有关研究。这个酶和CAS9有共同的生物学作用,也是对抗外源基因表达。不同的是CAS9只能依靠RNA作为指导,Argonautes不仅能依靠RNA也能依靠双链DNAArgonaute有效地利用单链脱氧核糖核酸为介质精准地切割基因组靶点,这一现象最早是由荷兰瓦赫宁恩大学的约翰-范德欧斯特研究组发现。

何不利用这个特点,设计成能用DNA作为指导的新型基因编辑技术,不好的消息是,已经发现的Argonautes Thermus thermophilus(TtAgo) Pyrococcus furiosus (PfAgo))利用DNA的酶需要在65度以上才能发挥作用,这无法实现在活体细胞中编辑的目的,显然只要克服这个缺陷就可以实现目的。韩老师的基本思路是从蛋白质库中找存在类似功能序列的蛋白质,他们利用已经发现的Argonautes作为线索,通过PSI-BLAST技术附和前面两个酶特定氨基酸序列特征,尝试找到能在体温37度左右条件下工作的新酶,就是haloal­kaliphilic archaebacteriumN. gregoryi SP2 (NgAgo, protein identifier AFZ73749.1)。于是运气来临,使用这个酶设计出的利用DNA位导引的基因编辑系统,确实能结合双链DNA并靶向切割,当然少不了对这些切割的特点进行分析,例如需要磷酸化末端修饰什么的特征。然后继续研究证明这个系统效率高,很多场景都能用,更重要的是精确度特别高,不容易出错。最后是证明这个系统能进行基因组外源基因插入,Cas9这个的过程容易脱靶。所以新版基因编辑技术从工作效率到工作准度,都完胜大热门Cas9技术。是的,我们知道Cas9先是修饰细菌、真菌,真核、哺乳动物细胞和个体、人类细胞甚至胚胎修改等这样的工作序列,每个步骤都引起轰动,甚至因为伦理学问题不断引起大家关注。新的韩春雨版基因编辑技术系统一次性把上述工作彻底解决,将成为基因编辑领域的冲击波,2017年会大量出现相关论文,当然这个技术存在的不足也会不断被发现认识然后克服。

韩春雨版基因编辑技术(NgAgo-gDNA)更适合人类基因组编辑,性能超过最时髦的CRISPR-Cas9技术。这一发现会开启基因组工程的新篇章,之前基因组工程研究是基于RNACRISPR-Cas9TALEN等,锌指蛋白也是基于DNA,但没有实现可编码的优势。强势新技术优点主要是这种技术的灵活性、准确性和广泛适应性。Cas9需要19RNA碱基,在需要编辑的基因组上这19个碱基后面必须紧邻一个特征三碱基序列(PAM序列),这限制了gRNA的设计局限性,新版编辑技术不需要PAM序列,增加了技术灵活性。一般情况下,广谱性往往需要以精准性降低为代价,但是韩春雨版基因编辑技术没有这个问题,不仅具有灵活性,也同样具有精确性。因为NgAgo结合24个碱基gDNA,比Cas919个碱基gRNA5个,理论上其精确性要提高1024倍。韩春雨版系统对向导序列-靶序列错配容忍度很低。gDNA上任何一个碱基的变换都会降低NgAgo的切割效率,如有三个错配则使其完全失活。这在另外一个机制上提高了NgAgo使用的精确性,特别是一些富含GC序列的地方,NgAgo系统比Cas9系统效率更高。NgAgo需要5’端磷酸化的单链DNA 5p-ssDNA),这种DNA在哺乳动物细胞几乎不存在,这保证了NgAgo不会被内源的DNA序列误导,产生错误编辑现象。外源5p-ssDNA转化到细胞,时间浓度可以精确控制。Cas9系统gRNA是内源表达,难以精确地控制。(本段参考网络信息)

后语,这个工作将来一定会引起广泛关注,国家可以重点投入,将初步的胜利扩大应用范围,用于基因编辑,畜农作物基因改良,利用这个技术可进行干细胞转化,人类基因治疗,动物疾病模型制备。一些生物技术公司会利用这个思路建立各种技术服务项目。个人生物技术爱好者会利用这个方法进行各自希望的基因编辑。这个文章或许会影响基因编辑领域诺贝尔化学奖的分配模式,或许韩老师的新技术将成为一匹诺贝尔奖黑马,成为中国生物医学领域的最大黑马,登上世界科学舞台。

阅读Cas9相关文章的时候,多次曾经觉得为什么用RNA作为引导,而不是DNA,但是为什么就没有考虑到可以找到这种系统,将来是否有更理想的编辑系统。因为水平有限,可能存在错误理解,敬请指正。



韩春雨事件
https://blog.sciencenet.cn/blog-41174-975926.html

上一篇:科学家发现氯胺酮治疗抑郁症的分子基础
下一篇:发表压力导致论文质量下降
收藏 IP: 116.246.19.*| 热度|

60 刘立 蔡小宁 李亚平 王伟 史晓雷 孟凡 李颖业 张江敏 LetPub编辑 刘全慧 虞志强 薛宇 李鸣雷 王泽 邢志忠 赵斌 张磊 张钫 赵保明 喻海良 潘启轩 谢维 余海涛 李土荣 任文龙 王涛 袁海涛 赵建民 蒋春雷 陶凯 杨正瓴 邹利波 王林平 李红雨 王永安 陈智文 余世锋 苏光松 应行仁 熊倩 强涛 divingmed zhangling zjzhaokeqin gaoshannankai taoshl yingyan biofans fumingxu idealist Araneae11ZX xlianggg xiyouxiyou wqhwqh333 yzqts qzw XY yunmu loujinshan htli

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (36 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-6-30 22:09

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部