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生信共享:国产期刊的春天 精选

已有 7420 次阅读 2018-11-14 15:16 |系统分类:科研笔记

一年之内当真是难得有几天不那么忙,能写我尽量多写,没时间那我也没辙啊。按广进兄的话来说,先过个早吧。话说昨天贴了《腾讯的“科学探索奖”:改变什么?》一文,院里的小伙伴们看见了,说菜鸟你又搞植入,“把我们学校的人才政策都做了大宣传”(老马语)。我在那里嘿嘿:我校的光辉形象那得正面报道啊。关于昨天的文章,有两个问题。一是尚邦兄说30岁其实国家也是有支持的,例如,全国优博百篇,印象中拿到了之后能有50万的经费;中科院有优博,当年我拿过,有20万的经费,使用没有限制。20万多吗?对于当年刚起步的我来说,这就是天文数字。所以没准儿哪天国家搞个优博千篇或者万篇,反正有苗头的就支持,本着不怕选错就怕选漏的原则,这么个选法选20年,选不出爱因斯坦,还选不出个朗道来?

二是这个奖,是不是必须要奖励青年科学家?菠萝兄读了细胞的博士,毕业了之后专门搞癌症科普,著有《癌症真相》和《癌症新知》等畅销书,这样的人要不要支持?啥?不能资助?那兄台读过《自私的基因》没?人家Richard Dawkins可是搞科普做了英国皇家学会的会士好吗?微信公众号BioArt主编小丁,大牌科学家们发文章没少请人家写报道吧?顶多十年差不多能是国内排名第一的科学传播编辑吧?要不要鼓励?啥?不鼓励?那以后发文章您自己写科普得嘞。对吧,马小腾生物物理博士毕业开了家公司腾不讯搞蛋白质测序,业界里号称桑格再世,这样的人资不资助?李小二生信博士毕业毅然从军搞航母,专攻量子弹射反正比老美的技术有前景,支持不?张小三搞纳米的转行搞教育思想研究,出了本《再论劝学》,隐隐然福泽谕吉第二的风范,入不入得了您老的法眼?对吧,资助天才,管他干啥的呢。

再说一遍,企业和社会资金支持基础研究绝对是好事情。老总们给了钱,事儿得办得漂亮,选出来的人能让大家眼睛一亮:有潜力、没听说过。不能让人看了名单:50个人,32个帽子,剩下那18位是院士。要是这么个玩法,那估计长久不了。

 

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闲话讲完讲正事。今天我们讨论国产期刊。话说去年10月中旬在开了个“第二届国际生命与健康大数据论坛”的会,我好像是有报告的,不过咱记性历来不咋地,完全不记得当时讲了啥。话说会议期间,与《基因组学、蛋白质组学和生物信息学》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics, GPB,影响因子6.615)的编辑焦老师讨论了期刊的发展,我是这个期刊的编委,当然第一个问题就是GPB啥时候能被SCI收录以及什么时候会有影响因子。焦老师当时讲18年会有第一个影响因子,鼓励大家投稿云云。我们一众人聊得正开心呢,大方跳过来说:我们组织一期生物信息学专刊吧!我跟老章看了大方一眼,不吭气:哪有时间折腾这些事情。当时觉得大方是随口说说,也没在意,不过会后过了段时间,大方又重提此事。我打电话给大方,说别折腾了,太花时间,17年王MM和我在Journal of Genetics and Genomics(影响因子4.066,这个期刊很不错的,欢迎投稿)组织了一期“数据库”(Database)专刊,总共收录了10篇论文,包括5Article5Letter,那一期的Editorial “Bioinformaticians wrestling with the big biomedical data是我写的,写得跟白开水一样毫无任何可读性,因为初稿里最前面那两段有可读性的文字被删掉了。当时我气得暴跳如雷,写了封超长的信给编辑和王MM抗议,并且发誓以后再不写这种开水文。所以那期专刊出来,我不写博客,没法写,总不能真写篇白开水吧?这个问题我待会儿吐槽。

不过大方既然提议了,那自然得支持,再加上老章,我们仨合计:这个专刊的主题该是啥?后来老章拍板:Bioinformatics Commons(生信共享),数据库啦、算法啦、工具啦、标准啦、数据分析啦,反正生信的工作都可以考虑接收。主题定了,接下来就是稿源的问题了,国产期刊嘛,大家历来认可度不高,所以当时我们仨都没信心,琢磨着大概能收个56篇也就不错了。请朋友们投稿,那就得忽悠了,咱这方面能力弱,但是老章、大方能力强啊,所以后来投稿量超出了预期,焦老师一看:收了这么多文章一期放不下,这该咋搞呢?答:那就两期喽,分个上下集!所以今年8月刊出的是《Bioinformatics Commons (I)》,还有个下集就得等到下期才出了。专刊出来之后,编辑部出了篇介绍性文章《11后拒绝“吃土”!新品数据“大锅菜”来袭,0元抢够~》,写得很欢乐,不是我写的。当然这一期的Editorial也不是我写的。这一期的内容,主要是以数据库为主,胖子那篇是用深度学习算法做了个预测硝基化和亚硝基化位点的工具DeepNitro。数据库文章多,是因为重要,数据、算法和应用,是当代生信研究的三个主要方向,各做各的事情。生信的算法不是拍脑袋想出来的,得看数据,观察数据的规律,从数据里抽象出合理的模型来,所以生信重点关注算什么和怎么算,算得准倒是次要的,因为总有人能算得更准。既然要做数据抽象和建模,数据质量不过关那是万万不行的,所以数据库是生信研究的基石,同行们都极关注。专刊发表的内容与本篇关联不大,这里咱主要讨论国产期刊存在的问题。

第一,国产期刊奇缺专业编辑。期刊编辑不缺,但有经验的专业编辑是极度缺乏的。国内的大学貌似是没有编辑或者至少没有科学编辑这个专业,我不清楚国外有没有编辑学这个专业,但貌似欧美还是有足够数量的专业编辑。编辑人手不够,稿件数量少的时候其实也还好说,例如前几年事实上大家都不爱投国产期刊,编辑们整天忙活的事情就是满世界约稿,大家还不乐意投;这几年国家开始重视国产期刊的建设,投稿的人多了,得,这么多稿子谁来处理?所以稿件少的时候编辑们头大,稿件多了编辑们头照样的大。按国产期刊这个建设速度,以后投稿的人越来越多,专业编辑的队伍得想办法增加。另外就是期刊快速发展过程中,会出现这样那样的问题。比方说,GPB搞专刊,大方、老章和我是客座编辑(Guest Editor, GE),但问题是我们各有各的研究方向,投稿的研究内容不是我们的研究方向,通常就不归我们处理;另外我们仨也够忙,不可能处理太多稿件,所以许多文章还得请“处理编辑”(Handling Editor, HE)来协调审稿。这里面的问题太多了,我就讲一个:GEHE的意见不一致,谁说了算?GE说文章可以收,HE说文章得拒,那文章收还是拒?就为这一个问题大家吵了两个星期,最后达成一致意见:GE只管能不能送审,如果不能送审直接拒掉,如果能送审分配给HE之后,那后面就是HE说了算。所以国产期刊一是缺人,二是各种规章制度还不那么完善,不过有问题不是事儿,摸着石头过河,想办法解决喽。

第二,中国科学家超级不喜欢审稿。国产期刊也好,国际杂志也好,大多以同行评议为主,顶级杂志直接拒稿的多,但不送审直接收稿的少。党生老师的Cell Research就算是开绿色通道,也得假装第一天收,第二天修回,第三天收稿,流程还得走的。这就牵涉到审稿人的问题,事实上不光是国产期刊,一般的国际期刊大家也超级不乐意给同行审稿。这里的大家,我特指是生命科学里与我本人研究相关的几个领域,范围限定一下。NCS大家当然都想当审稿人,问题是人家也不让你审啊。所以Handle国内学者的文章历来比较头大,要邀请很多学者才有足够的审稿人。国外的期刊如Scientific Reports, PLOS ONEBMC Genomics,一般有两个匿名审稿人就可以了,GPB要求3个审稿人,这简直是要了命了。当然史上最不乐意给同行审稿的,就是中国的蛋白质组领域。因为这个事情,上半年跟蛋白质组的同行们大吵了一架,现在情况好了很多。国内学者不喜欢给同行审稿,两个原因,一是杂事太多,二是同行相轻。杂事多好办,延长点而工作时间,双休日加个半天到一天的班;同行相轻这就是思想觉悟的问题了,大家互相看不上,那领域能健康发展?对吧,齐心协力把学科建设好那才是正道。再一个就是,实在没时间审稿,那不妨推荐同行的青椒们审稿,年轻人发展很困难,有审稿经历还是很重要的,只要水平足够邀请审稿那是没有问题的。

第三,期刊的内容过于死板。国产期刊基本上是以发表科研论文为主,这个在形式上是不能创新的。主要是科研论文的内容是最主要的,形式八股的好处是大家能迅速掌握文章中的重要内容。但问题在于除了科研论文之外,其他的花边诸如Editorial, News & ViewHighlight之类的,写得毫无任何吸引力。顶级期刊诸如NCS及其子刊,写这些科研花边事实上经常写得不错,可读性很强,噱头也足,虽然经常忽悠了一些,但反正不是正儿八经的科研论文,不需要写得那么死板。国产期刊上大家有看到过写得比较好的花边吗?Cell Research算是做得最好的了,不过通常大家还是直接去看BioArt了。为啥的?傻子都知道要看热闹。所以学术期刊该死板的地方得死板,该活泼的地方还是得活泼一下的。国产期刊上的非科研论文要是都写成博客风格,那阅读量增加个数量级没问题吧?Nature, Science上的文章,人家老外是希望高中生能看得懂的,国产期刊这风格,大学毕业了也未必看得明白啊好吗。国产期刊里,唯一不死板的是Protein & Cell,我15年写过一篇博文《吴瑞先生:DNA测序之父》,后来PC的编辑晓雪老师说能不能写成英文,然后我就改写成了《Ray Wu, fifth business or father of DNA sequencing?》,当时这篇文章事实上PC是请了编辑帮我修改过英文,改完了之后我表示抗议,编辑也就不坚持按原文发表了。这篇文章的英文写得相当之好,有高人也就是第三位作者MM给改过,中英文的风格是一致的。这里需要说一下,沈MM28在美国Van Andel Institute拿到的助理教授,水平高不高?我英文写得那么糟糕,人家拿过来改半个小时既不动你风格,还显著提高你英文水平。当然喽,咱生信圈儿的神童不止一位,剑宗家培养的锐邦,也是28岁就做了香港大学的助理教授。

    做个总结。国产期刊貌似是越来越受到重视,投稿也是越来越多,发展的也是越来越好,我们也得与时俱进,用新的眼光来看待国产期刊。再怎么说也是我们中国人自己家办的期刊,支持国产期刊发展是应当的。至于吐槽,该抗议的还是得抗议,问题总会解决的。



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