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番茄泛基因组构建发表在《自然遗传学》上

已有 831 次阅读 2019-5-14 18:29 |个人分类:科学感想|系统分类:论文交流

番茄是最常吃的蔬菜之一,尽管从植物学上讲,它们实际上是水果,全球年产量达1.82亿吨,价值超过600亿美元。2017年,美国人均新鲜番茄消费量为20.3磅,加上人均加工番茄消费量为73.3磅。在美国,番茄是仅次于土豆的第二大食用蔬菜。

Agricultural Research Service (ARS)和Boyce Thompson Institute (BTI)科学家已经完成了栽培番茄及其野生亲缘植物的泛基因组(pan-genome)构建,绘制了近5000个以前未记录的基因。发表在《自然遗传学》上。

基因组是生物体基因及其功能的生物学图谱。但是基因组通常是一个单一的品种,然后作为其他物种的参考基因组。而这个泛基因组包含了725个不同栽培和近缘野生番茄的所有基因,显示了4873个基因在原始参考基因组中并不存在。

从番茄泛基因组中发现的新基因为番茄基因组库增加了大量的信息,并为番茄的改良提供了更多的机会。这些基因在不同番茄群体中的存在和缺失,为人类选择所需性状重塑番茄基因组提供了重要的线索。


Tomato pan-genome makes bringing flavor back easier

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/05/190513112235.htm


Journal Reference:

  1. Lei Gao, Itay Gonda, Honghe Sun, Qiyue Ma, Kan Bao, Denise M. Tieman, Elizabeth A. Burzynski-Chang, Tara L. Fish, Kaitlin A. Stromberg, Gavin L. Sacks, Theodore W. Thannhauser, Majid R. Foolad, Maria Jose Diez, Jose Blanca, Joaquin Canizares, Yimin Xu, Esther van der Knaap, Sanwen Huang, Harry J. Klee, James J. Giovannoni, Zhangjun Fei. The tomato pan-genome uncovers new genes and a rare allele regulating fruit flavorNature Genetics, 2019; DOI: 10.1038/s41588-019-0410-2




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