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机器学习测量根的生长(外一)

已有 720 次阅读 2019-4-3 19:00 |个人分类:科学感想|系统分类:论文交流

机器学习测量根的生长


西班牙巴塞罗那的农业基因组学研究中心(Centre for Research in Agricultural Genomics,CRAG)和拉萨尔·拉蒙细胞大学(La Salle Ramon Celll University)的研究人员开发了一个软件MyRoot,通过图像处理和机器学习,研究人员可以半自动分析在琼脂平板中生长的拟南芥幼苗的根生长。


Machine learning for measuring roots

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/04/190402113106.htm


  1. Isabel Betegón-Putze, Alejandro González, Xavier Sevillano, David Blasco-Escámez, Ana I. Caño-Delgado. MyROOT: A method and software for the semi-automatic measurement of primary root length in Arabidopsis seedlingsThe Plant Journal, 2019; DOI: 10.1111/tpj.14297

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细胞发育动力学


Helmholtz Zentrum München and the University of Massachusetts研究人员使用了伪动力学(pseudodynamics),这是一种从单细胞时间序列观测中估计发育过程的数学模型。他们的报告发表在《自然生物技术》上。

他们开发了一种称为扩散伪时间(Diffusion Pseudotime)的算法,使他们能够重建哪些基因是连续表达的,以及不同细胞类型的发育轨迹是如何分枝的。由于新的数学模型,这些结果的解释将在未来大大简化。



Dynamics of cell development

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/04/190402113050.htm


Journal Reference:

  1. David S. Fischer, Anna K. Fiedler, Eric M. Kernfeld, Ryan M. J. Genga, Aimée Bastidas-Ponce, Mostafa Bakhti, Heiko Lickert, Jan Hasenauer, Rene Maehr, Fabian J. Theis. Inferring population dynamics from single-cell RNA-sequencing time series dataNature Biotechnology, 2019; 37 (4): 461 DOI: 10.1038/s41587-019-0088-0




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