机器学习测量根的生长

西班牙巴塞罗那的农业基因组学研究中心（Centre for Research in Agricultural Genomics，CRAG）和拉萨尔·拉蒙细胞大学（La Salle Ramon Celll University）的研究人员开发了一个软件MyRoot，通过图像处理和机器学习，研究人员可以半自动分析在琼脂平板中生长的拟南芥幼苗的根生长。

Machine learning for measuring roots

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/04/190402113106.htm

1. Isabel Betegón-Putze, Alejandro González, Xavier Sevillano, David Blasco-Escámez, Ana I. Caño-Delgado. MyROOT: A method and software for the semi-automatic measurement of primary root length in Arabidopsis seedlings. The Plant Journal, 2019; DOI: 10.1111/tpj.14297

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细胞发育动力学

Helmholtz Zentrum München and the University of Massachusetts研究人员使用了伪动力学（pseudodynamics），这是一种从单细胞时间序列观测中估计发育过程的数学模型。他们的报告发表在《自然生物技术》上。

他们开发了一种称为扩散伪时间（Diffusion Pseudotime）的算法，使他们能够重建哪些基因是连续表达的，以及不同细胞类型的发育轨迹是如何分枝的。由于新的数学模型，这些结果的解释将在未来大大简化。

Dynamics of cell development

https://www.sciencedaily.com/releases/2019/04/190402113050.htm

Journal Reference:

1. David S. Fischer, Anna K. Fiedler, Eric M. Kernfeld, Ryan M. J. Genga, Aimée Bastidas-Ponce, Mostafa Bakhti, Heiko Lickert, Jan Hasenauer, Rene Maehr, Fabian J. Theis. Inferring population dynamics from single-cell RNA-sequencing time series data. Nature Biotechnology, 2019; 37 (4): 461 DOI: 10.1038/s41587-019-0088-0